当小股东不同意公司增资时，这是一个涉及公司运营、股东权益及法律法规的复杂问题。以下是一套详细且条理清晰的处理方案，旨在帮助公司妥善应对这一情况：

一、首要步骤：依据公司章程处理

公司章程是公司的基本法律文件，对增资等重大事项往往有明确规定。因此，公司应首先查阅章程，了解关于增资的程序、条件以及股东不同意增资时的处理办法。若章程中有相关规定，公司应严格按照章程执行，确保所有股东的权利和义务得到尊重和保护。

二、关键环节：股东会决策

1. 合法召集与表决：公司需按照《公司法》的规定，合法召集股东会，并就增资事项进行表决。对于有限责任公司，增资决议需经代表三分之二以上表决权的股东通过；对于股份有限公司，则需出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。

2. 尊重与执行决议：一旦增资决议经法定多数股东表决通过，该决议即对全体股东具有约束力。即使小股东不同意，也需遵守决议，并继续享有其应有的知情权、利润分配权等合法权益。

3. 提供救济途径：若小股东认为股东会召集程序、表决方式或决议内容违反法律、行政法规或公司章程，他们有权在决议作出之日起六十日内向人民法院申请撤销。

三、积极沟通：协商解决

1. 深入了解原因：公司管理层或大股东应主动与小股东沟通，了解他们不同意增资的具体原因。这有助于公司更好地理解小股东的立场和需求，为后续协商打下基础。

2. 提出合理方案：针对小股东的疑虑和诉求，公司可以提出相应的解决方案。例如，提供融资渠道以帮助小股东参与增资、给予一定的缓冲期以减轻小股东的资金压力，或调整增资方案以更好地满足小股东的期望。

四、股权处理：灵活多样

1. 放弃优先认购权：小股东可以选择放弃优先认购新增资本的权利，从而避免其股权被稀释。虽然此举会保留其股东资格和相应权益，但也可能导致其在公司中的影响力减弱。

2. 股权转让：小股东可以考虑将其持有的股权转让给其他愿意增资的股东或第三方。在此过程中，其他股东通常享有优先购买权。股权转让完成后，小股东可以退出公司，避免进一步的影响和纠纷。

3. 公司回购股权：在特定情况下，如公司连续五年盈利但未分配利润、合并分立转让主要财产、营业期限届满等，对股东会决议投反对票的小股东有权请求公司按合理价格回购其股权。这为公司和小股东提供了另一种解决分歧的途径，但需注意回购条件和程序的合法性。

五、总结与建议

处理小股东不同意增资的问题时，公司应充分考虑法律法规、公司章程及小股东的合法权益。通过依法依规的决策程序、积极有效的沟通协调以及灵活的股权处理方式，公司可以寻求双方都能接受的解决方案。同时，公司也应加强内部管理，完善治理结构，确保增资等重大事项的决策过程公开透明、合法有效。这样不仅可以维护公司的长期稳定发展，还可以保障小股东的合法权益不受侵害。