交通事故代理律师费的计算方式并非固定按赔偿总额或扣除已支付费用来计算，而是主要取决于双方签订的委托代理合同中的约定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 在交通事故赔偿案件中，律师费的计算方式首先应当遵循委托代理合同中的约定。合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当被尊重和执行。
   • 因此，如果合同中明确约定了律师费是按赔偿总额的一定比例计算，或者扣除已支付费用后的剩余部分的一定比例计算，那么就应当按照合同约定来执行。

2. 常见计算方式：

   • 按赔偿总额比例计算：这是一种较为常见的计算方式。律师根据最终获得的赔偿总额，按照合同约定的比例收取律师费。这种方式的好处是简单明了，易于计算。
   • 按阶段收费或固定费用：除了按赔偿总额比例计算外，律师费还可以根据案件的不同阶段（如调查取证、诉讼、调解等）分别收费，或者约定一个固定的律师费用。这种方式的好处是可以根据案件的复杂程度和律师的工作量来灵活调整费用。
   • 扣除已支付费用后的计算：虽然不常见，但也有一些合同会约定在扣除已支付的费用（如医疗费、鉴定费等）后，再按照剩余赔偿金额的一定比例计算律师费。这种方式需要双方在合同中明确约定，并确保约定不违反法律法规的强制性规定。

3. 注意事项：

   • 合同条款的明确性：无论采用哪种计算方式，都应当在合同中明确约定，以避免后续产生纠纷。合同条款应当具体、明确，包括律师费的计算方式、支付时间、支付方式等。
   • 法律法规的遵守：在约定律师费时，必须遵守相关法律法规的规定。例如，律师费不得违反律师服务收费管理办法等规定，不得设置不合理的收费标准或条件。
   • 双方协商一致：律师费的计算方式应当是双方协商一致的结果。如果双方对律师费的计算方式有争议，可以通过协商、调解或诉讼等方式解决。

举例说明： 假设一起交通事故赔偿案件中，双方签订的委托代理合同中约定律师费按赔偿总额的10%计算。如果最终获得的赔偿总额为100万元，那么律师费就是10万元。如果合同中约定的是扣除已支付费用后的剩余部分按10%计算，且已支付费用为20万元，那么律师费就是（100万元-20万元）×10%=8万元。

建议：

• 在签订委托代理合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于律师费的计算方式、支付时间、支付方式等关键内容。
• 如果有任何疑问或不明确的地方，应当及时向律师咨询并要求解释清楚。
• 在案件处理过程中，保持与律师的密切沟通，及时了解案件进展和律师费支付情况。

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