核心结论：针对您单位厂房内存放法院查封机械设备达3年且现厂房要出租的情况，需分情况处理，一是若您单位与查封无关联，可先与法院沟通协调处理设备后出租；二是若您单位是协助执行人，要按法院要求处理设备，处理好后再考虑出租；三是若您单位是案件当事人，需积极履行义务解封设备后再出租。以下是详细说明：
- 若您单位与法院查封行为无直接关联，仅为场地提供方
- 与法院沟通协调：首先，您单位应主动与实施查封的法院取得联系，向法院说明厂房目前的状况以及您单位计划出租厂房的意图。法院作为查封的执行主体，对查封财产的处置有主导权。您可以请求法院尽快对查封的机械设备进行评估、拍卖等处置程序，以便在设备处理完毕后，您单位能够顺利出租厂房。
- 等待设备处理结果：在法院对设备进行处置的过程中，您单位需要耐心等待。如果设备能够顺利拍卖成交，买受人会将设备搬离厂房，此时您单位就可以按照正常程序将厂房出租给新的承租人。如果设备经过多次拍卖仍未能成交，法院可能会依法将设备作价交付申请执行人抵偿债务，或者根据情况将设备退还被执行人，无论哪种情况，在设备问题解决后，您单位都可进行厂房出租。
- 若您单位是协助法院执行查封的协助执行人
- 履行协助义务：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，协助执行人有义务按照法院的要求保管查封财产，不得擅自使用、处分查封财产。在厂房要出租的情况下，您单位必须先向法院报告这一情况，并按照法院的指示处理查封的机械设备。
- 配合法院处理设备：法院可能会要求您单位继续保管设备直至案件执行完毕，也可能会根据实际情况允许您单位在不影响设备查封状态的前提下出租厂房，但会要求您单位对设备的保管承担更严格的责任。您单位需要严格按照法院的要求行事，避免因擅自出租厂房或处理设备而承担法律责任。
- 若您单位是被查封机械设备的所有权人或与案件有利害关系
- 积极履行义务解封设备：如果厂房内的机械设备是因为您单位涉及诉讼案件而被法院查封，那么在厂房要出租之前，您单位需要积极履行生效法律文书所确定的义务，如偿还债务、履行合同等。只有在义务履行完毕，法院依法解除查封措施后，您单位才能自由处分厂房，包括将其出租。
- 与申请执行人协商：如果您单位暂时无法一次性履行全部义务，可以尝试与申请执行人进行协商，争取达成和解协议。例如，您可以提出分期偿还债务的方案，并请求申请执行人同意在您单位按照协议履行部分义务的情况下，允许您单位出租厂房，用租金收入来继续履行剩余义务。但这种协商需要得到法院的认可和监督，以确保协议的合法性和有效性。