面对房屋拆除纠纷已经过了诉讼时效的情况，虽然法律程序上的直接保护可能受到一定限制，但您仍然有多种途径可以尝试以维护自身权益。以下是我为您详细梳理的应对策略和建议：
一、明确诉讼时效的法律规定
首先，您需要了解诉讼时效的具体法律规定。在行政诉讼中，直接向法院提起诉讼的时效通常是自知道或应当知道行政行为之日起六个月内；若经过复议，则是收到复议决定书之日起十五日内。对于因不动产提起的诉讼，自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件超过五年，法院将不予受理。而在民事诉讼中，时效一般为三年，自权利人知道或应当知道权利受损及义务人之日起计算。明确这些规定，有助于您更好地评估自身情况。
二、分析超过诉讼时效的原因并尝试补救
梳理原因：您需要仔细分析导致超过诉讼时效的具体原因，比如是否存在不可抗力、被限制人身自由、不知晓权益被侵害等特殊情况。
研究诉讼时效中断、中止情形：如果您在时效期间内向拆迁方主张过权利（如发送书面函件、电子邮件等），那么诉讼时效可能从该中断时起重新计算。同时，如果存在不可抗力等法定事由导致您无法行使请求权，诉讼时效可能会中止，待事由消除后继续计算。因此，收集相关证据是关键。
三、积极寻求解决方案
与拆迁方协商解决：尽管诉讼时效已过，但您的实体权利并未消灭。您可以主动与拆迁方沟通协商，说明情况，强调房屋的实际价值及拆迁带来的生活不便等，争取通过协商方式解决纠纷，如要求合理补偿。在协商过程中，请务必保留好相关证据。
寻求政府及第三方调解：您可以向拆迁管理部门、信访部门等政府部门反映情况，请求他们从中调解或督促解决问题。同时，也可以考虑寻求人民调解委员会等第三方调解机构的帮助，以期达成双方都能接受的解决方案。
向法院提起诉讼并说明原因：虽然超过诉讼时效，但您仍可尝试向法院提起诉讼，并详细说明错过时效的具体原因，如未及时了解到相关政策等。虽然法院可能不会直接支持您的诉讼请求，但您的陈述和证据可能会对案件的处理产生一定影响。
咨询专业律师：寻求专业律师的帮助是明智之举。律师能根据您的具体情况，提供针对性的法律建议，协助您制定合适的维权策略，包括如何起诉、如何收集证据等。
四、关注拆迁方的违法行为并争取协商筹码
调查合法性：仔细审查拆迁方的拆迁程序是否合法，包括拆迁项目是否有合法的审批手续、是否按照法定程序进行公告和评估等。如发现违法行为，可作为与拆迁方重新协商补偿的筹码。
举报违法：对于严重的违法行为，您可向相关监管部门进行举报，如国土资源部门、建设部门等。监管部门的调查处理可能会对拆迁方形成压力，促使其更愿意与您协商补偿问题。
五、考虑其他法律途径与政策变化
其他法律手段：在某些特定情况下，如拆迁补偿协议存在显失公平、欺诈等情形，您可尝试通过其他法律手段来撤销或变更协议。同时，如果拆迁过程中存在违法行为，您也可通过举报和要求查处来间接维护自身权益。
关注政策变化：政策法规是不断变化的，政府有时会出台新的政策或规定来解决历史遗留问题。因此，您应密切关注相关政策的变化，看是否有新的机会或途径来争取拆迁补偿。
六、做好心理准备并接受现实
最后，您也需要做好心理准备并接受可能无法获得全额法律救济的现实。在这种情况下，应努力调整心态，积极面对生活，并寻找其他途径来改善自己的生活状况。同时，保持冷静和理性，根据实际情况选择最合适的解决方案是至关重要的。
综上所述，即使房屋拆除纠纷超过了诉讼时效，也并不意味着您完全失去了维权的机会。通过全面了解法律规定、深入分析超时效原因、积极寻求多种解决方案以及寻求专业律师的帮助，您仍有可能有效维护自身的合法权益。