招标人代表与代理公司有关联，在一般情况下是不被允许的，但具体还需根据关联的性质和程度，以及相关法律法规的规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规的禁止性规定
在招标投标活动中，为了确保公平、公正和透明，法律法规通常对招标人、招标代理机构以及投标人之间的关联关系有严格的限制。如果招标人代表与代理公司存在直接的利益关联，如股权关系、亲属关系等，这种关联可能会被视为影响招标公正性的因素，从而被法律法规所禁止。例如，《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例中，就明确规定了招标人不得以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人，不得对潜在投标人实行歧视待遇，同时要求招标代理机构与行政机关和其他国家机关不得存在隶属关系或者其他利益关系。虽然这些条款没有直接提及招标人代表与代理公司的关联问题，但其所体现的公平、公正原则同样适用于此。
二、关联关系的具体判断
直接关联：如果招标人代表是代理公司的股东、高管或存在其他直接的经济利益关系，这种关联通常会被视为影响招标公正性的因素，从而不被允许。
间接关联：如果招标人代表与代理公司之间存在间接的关联关系，如通过第三方公司或个人产生的关联，这种关联是否构成禁止性情形，则需要根据具体情况进行判断。如果这种间接关联足以影响招标的公正性，那么同样可能被视为不被允许。
三、实际操作中的建议
避免关联关系：为了确保招标的公正性和透明度，招标人在选择代理公司时，应尽量避免选择与招标人代表存在关联关系的公司。如果确实存在关联关系，应提前进行披露，并采取相应的措施来消除或减轻这种关联关系对招标公正性的影响。
加强监管和审查：在招标过程中，监管部门应加强对招标人、招标代理机构以及投标人之间关联关系的审查和监管，确保招标的公正性和透明度。对于发现的违规行为，应及时进行处罚和纠正。
寻求专业法律意见：如果招标人或代理公司对关联关系的判断存在疑问或不确定，建议寻求专业法律意见，以确保招标的合法性和合规性。
若在实际操作中遇到招标人代表与代理公司有关联的情况，建议立即停止相关招标活动，并咨询专业律师进行法律评估和风险防控。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况为你提供专业的法律意见。