非法转让土地使用权罪中单位犯罪的管辖问题，主要由公安机关负责立案侦查，并由相应的检察机关提起公诉，最终由法院进行审判。以下是对此问题的详细分析：
一、单位犯罪的认定
在非法转让土地使用权罪中，如果单位（如公司、企业、事业单位、机关、团体等）作为犯罪主体，以牟利为目的，违反土地管理法规，非法转让、倒卖土地使用权，且情节严重的，同样构成非法转让土地使用权罪。单位犯罪的认定，主要依据单位的行为是否符合犯罪构成要件，以及单位内部决策程序是否合法合规等因素。
二、管辖机关的确定
立案侦查：对于非法转让土地使用权罪的单位犯罪，一般由公安机关负责立案侦查。公安机关在接到报案、控告、举报或自行发现犯罪线索后，会进行初步调查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，会立案侦查。
提起公诉：侦查终结后，公安机关会将案件移送检察机关审查起诉。检察机关认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，会向法院提起公诉。
审判：法院在受理检察机关提起的公诉后，会依法组成合议庭进行审理。法院会根据事实和法律，对单位犯罪作出判决，包括定罪和量刑。
三、法律后果
对于非法转让土地使用权罪的单位犯罪，法律后果主要包括：
对单位的处罚：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，单位犯非法转让土地使用权罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照个人犯罪的规定处罚。
对个人的处罚：直接负责的主管人员和其他直接责任人员，根据其在犯罪中的地位和作用，以及犯罪情节的严重程度，可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，可能面临三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
四、建议与提醒
加强内部管理：单位应加强对土地使用权转让等关键环节的内部管理，确保决策程序合法合规，避免触犯法律。
及时咨询法律专业人士：如果单位或个人在土地使用权转让过程中遇到法律问题或疑虑，应及时咨询法律专业人士，以便更好地了解自己的法律责任和可能的法律后果。
积极配合调查：如果单位或个人涉嫌非法转让土地使用权罪，应积极配合公安机关、检察机关和法院的调查和审判工作，如实陈述事实，提供相关证据。
如有任何关于非法转让土地使用权罪或单位犯罪的法律问题，可以直接向我咨询。