在厂房内部加层是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：

一、合法加层的情况

1. 规划与审批合规：

   • 如果厂房的加层行为符合当地的城乡规划要求，并且已经依法取得了建设工程规划许可证等相关审批文件，那么这种加层行为是合法的。这意味着加层的设计、施工等各个环节都经过了相关部门的审查和批准，符合安全、消防、环保等方面的标准。

2. 产权明确且无争议：

   • 加层行为必须基于明确的产权基础上进行。如果厂房的产权清晰，且加层行为没有侵犯到其他产权人的合法权益（如相邻权、共有权等），那么这种加层行为在产权层面也是合法的。

二、非法加层的情况

1. 未取得审批手续：

   • 如果厂房的加层行为没有依法取得建设工程规划许可证等相关审批文件，或者虽然取得了审批文件但未按照审批要求进行建设，那么这种加层行为就是非法的。非法加层可能面临被责令拆除、罚款等法律后果。

2. 侵犯他人权益：

   • 如果加层行为侵犯了其他产权人的合法权益，如遮挡了相邻建筑的采光、通风，或者对共有部分进行了不当改造等，那么这种加层行为也是非法的。在这种情况下，受影响的产权人有权要求停止侵害、恢复原状或赔偿损失。

3. 违反安全、消防等规定：

   • 加层行为还必须符合安全、消防等方面的规定。如果加层后的建筑结构不稳定、消防设施不完善等，存在安全隐患或消防隐患，那么这种加层行为也是非法的。相关部门有权要求进行整改或采取其他措施消除隐患。

三、法律建议

1. 咨询相关部门：

   • 在考虑对厂房进行加层前，建议先咨询当地的城乡规划部门、建设部门等相关机构，了解加层的具体要求和审批流程。

2. 确保产权清晰：

   • 确保厂房的产权清晰无争议，并与其他产权人进行充分沟通，避免因加层行为引发产权纠纷。

3. 遵守安全、消防等规定：

   • 在加层过程中，必须严格遵守安全、消防等方面的规定，确保加层后的建筑符合相关标准。

4. 及时办理审批手续：

   • 如果加层行为需要取得相关审批文件，务必及时办理，避免因未审批而面临法律风险。

如果您对厂房加层的合法性有进一步疑问，或者需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。