申请发票提额的增量合同，在符合法定条件且内容合法的情况下是有效的。以下从不同角度进行分析：

1. 合同效力的一般原则
   根据《民法典》第一百四十三条，合同有效的核心要件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗。若增量合同满足上述条件（如双方主体适格、条款合法、未损害国家或第三方利益），则合同本身具有法律效力。

2. 发票提额的合法性关联
   发票提额需以真实交易为基础，且符合税务机关的审批要求。若增量合同是双方为扩大经营规模、增加交易量而签订，且合同内容与实际业务相符（如采购合同、服务合同等），则合同与发票提额的关联性合法。但若合同仅为虚开发票而虚构交易（如“阴阳合同”），则合同可能因违反《税收征收管理法》第六十三条（虚开发票）或《刑法》第二百零五条（虚开增值税专用发票罪）而无效，甚至涉及刑事责任。

3. 税务合规性对合同效力的影响
   即使合同本身有效，若发票提额申请过程中存在以下情形，仍可能影响合同履行或导致行政处罚：

   • 合同金额与实际交易不符，导致发票金额虚高；
     
   • 未按规定向税务机关提交真实交易证明材料；
     
   • 提额后未按约定履行合同义务（如未支付货款、未提供服务等）。
     此类情形下，税务机关可能要求补缴税款、滞纳金，甚至撤销发票额度，但合同效力本身通常不受直接影响（除非合同因欺诈、胁迫等可撤销事由被主张无效）。

建议：

1. 确保增量合同内容真实、条款合法，避免虚构交易或虚增金额；
   
2. 申请发票提额时，按税务机关要求提供完整、真实的交易证明材料（如合同、付款凭证、物流单据等）；
   
3. 若对合同条款或税务合规性有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体场景提供法律分析。