总公司通常不能直接以股东会的形式收回分公司的公章，因为分公司不具有独立的法人资格，其公章的管理和收回通常不直接由股东会决定，而是由总公司内部管理机制或相关规章制度来规范。以下从多个角度进行详细分析：

一、分公司与总公司的法律关系

1. 分公司性质：分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着分公司的行为，包括公章的使用和管理，都受到总公司的控制和监督。
2. 股东会职权：股东会是公司的权力机构，主要决定公司的重大事项，如选举董事、审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案等。然而，股东会通常不直接涉及分公司公章的管理和收回，因为这属于公司内部管理范畴，而非股东会的直接职权。

二、公章的管理与收回

1. 内部管理机制：总公司通常会制定一套内部管理机制来规范分公司的公章使用和管理。这可能包括公章的保管、使用审批流程、收回条件等。因此，分公司公章的收回通常是由总公司根据内部管理机制来决定的，而不是由股东会直接决定。
2. 规章制度：总公司还可以制定相关规章制度来明确分公司公章的管理和收回程序。这些规章制度可能包括公章的刻制、启用、保管、使用、收回和销毁等各个环节的具体规定。当分公司出现违反规章制度或需要收回公章的情况时，总公司可以依据规章制度来收回公章。

三、特殊情况下的处理

1. 分公司违法或违规：如果分公司存在违法或违规行为，且该行为与公章的使用和管理有关，总公司可能会根据内部管理机制或相关法律法规来收回公章，并采取相应的法律措施。然而，这种情况下收回公章的决定仍然是由总公司作出的，而不是由股东会直接决定。
2. 分公司解散或撤销：在分公司解散或撤销的情况下，总公司的股东会可能会作出相关决议，但这一决议通常涉及分公司的整体解散或撤销程序，而不是直接针对公章的收回。公章的收回将作为解散或撤销程序的一部分，由总公司负责处理。

四、法律建议

1. 完善内部管理机制：总公司应建立完善的内部管理机制，明确分公司公章的管理和收回程序，以确保公章的安全和合规使用。
2. 制定规章制度：总公司可以制定相关规章制度来规范分公司公章的使用和管理，包括公章的保管、使用审批、收回条件等，以减少潜在的法律风险。
3. 及时咨询专业律师：如果总公司对分公司公章的管理和收回存在疑问或需要法律支持，应及时咨询专业律师，以确保决策的合法性和合规性。

如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。