针对同一家医疗机构间隔两年医疗器械未登记的情况，需根据具体情形采取不同处理措施，核心结论如下：

1. 若属于首次发现且未造成危害后果
   根据《医疗器械监督管理条例》第四十五条，医疗机构未按规定对医疗器械进行登记（如未建立使用记录或记录不完整），监管部门（如药监局）会责令改正，给予警告，并可处1万元以上5万元以下罚款。若医疗机构在责令改正期限内完成补登记且无其他违法行为，通常不会进一步处罚。

2. 若属于重复违规或已造成危害后果

   • 重复违规：若医疗机构此前因同类问题被处罚过，监管部门会从重处罚，罚款金额可能接近5万元上限，并可能暂停其医疗器械使用资质。
     
   • 造成危害后果：如因未登记导致医疗器械来源不明、使用过期器械引发医疗事故，除行政处罚外，医疗机构还可能面临民事赔偿（患者索赔）或刑事责任（如涉嫌医疗事故罪）。

3. 若涉及高风险医疗器械（如植入类、大型设备）
   根据《医疗器械分类规则》，高风险器械的登记要求更严格。未登记可能直接触发吊销《医疗机构执业许可证》的处罚，尤其是当器械质量问题导致患者损害时，监管部门会联合卫健委进行联合查处。

建议处理步骤：

1. 立即补登记：医疗机构应第一时间完善器械采购、使用、维护记录，确保可追溯性。
   
2. 主动报告：向当地药监局提交书面说明，承认未登记事实并承诺整改，争取从轻处理。
   
3. 内部审查：检查器械管理流程，排查其他潜在违规点（如未定期校验、未建立报废制度等）。
   

法律依据：

• 《医疗器械监督管理条例》第四十五条、第八十九条
  
• 《医疗事故处理条例》第五十五条
  

如有进一步细节（如器械类型、是否引发纠纷等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供更精准的分析。