母公司与子公司为同一法人时，通常不可以同时作为同一招标项目的代理机构，但能否作为不同招标项目的代理机构需结合具体法律规定和项目要求判断。以下从不同角度展开分析：

1. 从《招标投标法》的回避原则看
   根据《招标投标法实施条例》第十三条，招标代理机构不得与行政机关、国家机关存在隶属关系或其他利益关系，且不得在所代理的招标项目中投标或代理投标，也不得为该项目的投标人提供咨询。若母公司与子公司为同一法人，虽法律未直接禁止其同时担任不同项目的代理机构，但若两公司存在控股、管理关系，可能因“利益关联”被认定为违反公平竞争原则，尤其在同一招标项目中同时代理时，极易引发利益冲突，实践中通常被禁止。

2. 从利益冲突与公平性角度分析
   即使母公司与子公司作为同一法人分别代理不同项目，若两项目存在关联（如同一招标人、同一资金来源或相互依赖的标的），仍可能因“利益关联”被质疑。例如，若子公司代理的项目结果影响母公司代理项目的投标人资格，或两项目存在信息互通可能，均可能损害其他投标人权益，违反《招标投标法》第五条规定的“公开、公平、公正”原则。

3. 从实际操作与行业惯例看
   实践中，招标人或监管部门为规避风险，通常要求代理机构与投标人（包括其关联企业）无任何控股、管理关系。即使法律未明确禁止同一法人代理不同项目，招标文件可能通过“利益冲突条款”额外限制，例如要求代理机构签署承诺书，声明与所有投标人无关联关系。因此，即使法律层面可行，实际操作中仍可能因招标文件要求或监管态度受限。

建议：若需同时担任代理机构，应优先确认两项目是否完全独立（如招标人、标的、资金来源均无关联），并审查招标文件是否对代理机构资格有额外限制。若存在任何利益关联可能，建议主动回避或咨询招标人、监管部门意见，避免因违反公平性原则导致项目无效或法律责任。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的合规性判断。