外贸虚开发票骗税被捕后，如果案件涉及工厂，相关部门很可能会进一步调查工厂。具体分析如下：
一. 虚开发票骗税的法律后果
刑事责任：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票的，根据虚开的税款数额，可能会面临不同程度的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
行政责任：除了刑事责任，虚开发票的行为还可能受到税务部门的行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
二. 案件涉及工厂的可能性
供应链关系：在外贸交易中，工厂往往作为货物的供应商，与外贸公司存在紧密的供应链关系。如果外贸公司虚开发票骗税，很可能涉及与工厂的交易往来，因此工厂有可能成为调查的对象。
证据链完整性：为了查明案件事实，相关部门会尽力完善证据链。如果外贸公司的虚开发票行为涉及工厂，那么工厂的相关账目、交易记录等就可能成为重要的证据，因此工厂有可能被进一步调查。
三. 工厂的法律责任
如果工厂知情并参与：如果工厂明知外贸公司虚开发票骗税，仍然为其提供货物或参与其他违法行为，那么工厂也可能面临法律责任，包括刑事责任和行政责任。
如果工厂不知情：如果工厂对外贸公司的虚开发票行为毫不知情，且没有参与任何违法行为，那么工厂通常不会承担法律责任。但为了避免卷入不必要的法律纠纷，工厂仍应积极配合相关部门的调查，提供必要的证据和信息。
我建议：对于工厂而言，应严格遵守相关法律法规，确保交易的真实性和合法性。如果收到相关部门的调查通知，应积极配合调查，提供必要的证据和信息。同时，工厂也可以寻求专业律师的帮助，以维护自身的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。