哥哥仍然有主张分割祖屋的权利，弟弟偷偷确权的行为并不能直接剥夺哥哥的继承权，且确权行为本身若存在违法或不当之处，还可能面临法律上的挑战。以下从几个方面进行详细分析：

一、继承权的法律基础

根据《中华人民共和国民法典》中关于继承的规定，继承从被继承人死亡时开始。在父母去世后，其遗产（包括祖屋）应由其法定继承人继承。法定继承人通常包括配偶、子女、父母等。在您描述的情况下，哥哥和弟弟作为父母的子女，均享有平等的继承权。

二、确权行为的法律性质

弟弟在没有告知哥哥的情况下，偷偷对祖屋进行了确权，这一行为在法律上可能存在问题。确权通常指的是确认某一财产的权利归属，但这一行为应当基于合法、公正、公开的原则进行。如果弟弟的确权行为没有遵循这些原则，或者存在欺诈、隐瞒等不当行为，那么这一确权行为可能无效或可撤销。

三、哥哥的主张权利

1. 继承权不受侵害：哥哥作为法定继承人之一，其继承权不应因弟弟的确权行为而受到侵害。即使弟弟已经对祖屋进行了确权，哥哥仍然有权主张自己的继承份额。
2. 主张分割的方式：哥哥可以通过与弟弟协商、调解或诉讼等方式来主张自己的权利。如果协商或调解无果，哥哥可以向人民法院提起诉讼，要求确认自己的继承权并分割祖屋。
3. 诉讼时效问题：虽然弟弟的确权行为已经超过了三年，但这并不意味着哥哥就失去了主张权利的机会。在继承纠纷中，诉讼时效通常从继承人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。如果哥哥在最近才发现弟弟的确权行为，并且这一行为确实侵害了他的继承权，那么哥哥仍然可以在诉讼时效期间内提起诉讼。

四、可能面临的法律后果

1. 确权行为被撤销：如果哥哥能够证明弟弟的确权行为存在违法或不当之处，人民法院可能会撤销这一确权行为，并重新确认祖屋的权利归属。
2. 分割祖屋：在确认哥哥的继承权后，人民法院会根据具体情况对祖屋进行分割。分割方式可能包括实物分割、折价补偿或拍卖变卖后分割价款等。

五、建议与行动

1. 收集证据：哥哥应尽快收集与继承权相关的证据，如父母的死亡证明、亲属关系证明、祖屋的产权证明等。
2. 咨询律师：在采取任何行动之前，哥哥最好咨询一位专业的婚姻家庭律师，以了解自己的权利和义务，并制定合适的诉讼策略。
3. 提起诉讼：如果协商或调解无果，哥哥可以在诉讼时效期间内向人民法院提起诉讼，要求确认自己的继承权并分割祖屋。

最后需要强调的是，法律问题往往复杂多变，每个案件都有其独特的事实和法律背景。因此，在处理此类问题时，最好寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。