结论前置：旷工一天扣除三天底薪工资的做法，在大多数情况下是不合法的。它违反了我国《劳动法》、《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》中的相关规定，损害了劳动者的合法权益。
法律依据与解析
法律法规的明确性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者工资权益的基本法律原则，任何违反这一原则的行为都可能被视为违法。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也明确规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步强调了用人单位支付工资的义务和及时性。
- 《工资支付暂行规定》第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且需保障剩余工资不低于当地最低工资标准。旷工一天并不直接等同于给用人单位造成经济损失，因此直接扣除三天工资缺乏明确的法律依据。
法理角度的考量：
- 从公平合理原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，这种惩罚不仅损害了劳动者的合法权益，也破坏了劳动关系的和谐稳定。
企业规章制度的有效性：
- 尽管某些用人单位的规章制度中可能规定了“旷工一天扣三天工资”的条款，但这并不意味着该条款必然合法有效。规章制度的制定需通过民主程序，内容不得违反法律法规，且必须向劳动者公示或告知。即使满足这些条件，如果条款内容过于严苛或不合理，也可能在司法实践中被视为无效。
劳动者的应对措施
- 协商解决：面对不合理的克扣工资行为，劳动者首先应与用人单位进行协商，要求其返还多扣的工资。在协商过程中，劳动者可以引用上述法律法规来支持自己的主张。
- 投诉举报：若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查处理，并责令用人单位限期支付克扣的工资。
- 申请仲裁或诉讼：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，可以向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，劳动者需要提供充分的证据来证明自己的主张，如工资条、考勤记录等。
综合建议
- 用人单位：在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工。同时，用人单位应加强与员工的沟通与交流，共同营造一个公平、合理的劳动环境。
- 劳动者：在遇到类似纠纷时，应咨询专业的法律人士（如我），了解自己的权益并采取适当的法律措施来维权。同时，劳动者也应增强法律意识，遵守相关法律法规和用人单位的规章制度。
总之，旷工一天扣除三天底薪工资的做法在大多数情况下是不合法的。无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同维护一个公平、合理的劳动环境。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。