单位不能仅因个别员工不合格就降低整个单位的绩效，这种做法通常是不合理且可能违法的。以下从不同角度为你详细分析：

从劳动合同和规章制度的角度

• 劳动合同约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中没有明确约定单位可以根据员工不合格情况降低单位整体绩效，那么单位单方面这样做就缺乏合同依据。例如，小李与公司签订的劳动合同中，只约定了小李个人的工作任务和绩效标准，没有提及因其他员工不合格会影响整个单位绩效以及小李的薪酬等内容。此时公司若以个别员工不合格为由降低单位绩效进而影响小李工资，就违反了劳动合同约定。
• 规章制度规定：用人单位的规章制度应当依法制定，内容不得违反法律法规的强制性规定，且需经过民主程序制定并公示或告知劳动者。如果单位规章制度中没有关于因个别员工不合格可降低单位绩效的合理规定，或者该规定本身不合法、不合理，那么单位以此为由降低绩效也是不行的。比如，某公司规章制度规定“只要部门内有一名员工考核不合格，整个部门绩效工资减半”，但这一规定没有考虑到不同岗位工作性质和难度的差异，缺乏合理性，可能被认定为无效条款。

从公平合理原则的角度

• 对合格员工不公平：对于那些工作表现合格甚至优秀的员工来说，他们按照正常标准完成了工作任务，为单位做出了应有的贡献。如果因为个别不合格员工的原因就降低整个单位的绩效，导致他们的工资福利受到影响，这显然是不公平的。例如，在一个销售团队中，大部分销售人员都完成了销售任务，只有个别人员没有达标，此时单位降低整个团队的绩效提成，对于那些完成任务的销售人员来说是不公正的。
• 不利于团队凝聚力和工作积极性：这种做法可能会打击员工的工作积极性，破坏团队的凝聚力。员工会认为自己的努力得不到应有的回报，从而对单位产生不满情绪，甚至可能导致优秀员工流失。比如，员工小张一直工作认真负责，业绩突出，但因为单位以个别员工不合格为由降低了绩效，使得他的收入减少，他可能会觉得自己的付出没有得到认可，进而考虑寻找其他工作机会。

从法律后果的角度

• 劳动者可主张权利：如果单位因个别员工不合格降低单位绩效，导致劳动者工资福利受损，劳动者可以依据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，与单位进行协商，要求单位恢复原绩效标准并补发工资差额。如果协商不成，劳动者可以向劳动争议调解组织申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
• 单位可能面临法律责任：如果单位的做法被认定为违法，除了需要补发劳动者工资差额外，还可能面临劳动行政部门的处罚。根据《劳动保障监察条例》等相关规定，劳动行政部门可以责令单位改正，并给予警告、罚款等处罚。

建议：如果单位确实存在因个别员工不合格影响整体工作的情况，可以采取更加合理合法的方式来解决，比如对不合格员工进行培训、调岗或者依法解除劳动合同等，而不是直接降低整个单位的绩效。如果你遇到了单位因个别员工不合格降低单位绩效的情况，导致自己的工资福利受到影响，可以直接向我咨询，我会为你提供具体的法律建议和解决方案。