公司有案件在身，并不影响其补办营业执照。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、营业执照补办的基本规定
营业执照是企业合法经营的凭证，若遗失或损坏，企业有权向工商行政管理部门申请补办。这一权利并不因企业是否涉及案件而受到限制。补办营业执照的主要目的是恢复企业的合法经营身份，以便其能够继续正常运营。
二、案件对营业执照补办的影响
案件性质与补办关系：
- 若公司涉及的案件与营业执照的合法性无关（如合同纠纷、知识产权侵权等），则案件的存在不会影响营业执照的补办。
- 若案件直接涉及营业执照的合法性（如伪造、变造营业执照等违法行为），则工商行政管理部门在补办前可能会进行更为严格的审查，甚至可能拒绝补办。但这种情况较为特殊，且通常伴随着对违法行为的处罚。
法律程序与补办流程：
- 在补办营业执照的过程中，企业需要按照工商行政管理部门的要求提交相关材料，如补办申请书、企业法人身份证明等。
- 工商行政管理部门在收到申请后，会进行形式审查和实质审查。形式审查主要检查材料的完整性和合规性；实质审查则可能涉及对企业经营状况、信用记录等方面的调查。但这一审查过程并不因企业是否涉及案件而有所改变，除非案件直接涉及营业执照的合法性。
三、补办营业执照的建议
- 及时申请：一旦发现营业执照遗失或损坏，企业应尽快向工商行政管理部门申请补办，以免影响正常经营。
- 准备充分材料：按照工商行政管理部门的要求准备相关材料，确保材料的真实性和完整性。
- 配合审查：在补办过程中，积极配合工商行政管理部门的审查工作，如实提供相关信息和资料。
- 关注案件进展：若公司确实涉及案件，应密切关注案件的进展情况，确保案件的处理不会对营业执照的补办产生不利影响。
四、可能的法律后果
- 若企业因遗失或损坏营业执照而未及时补办，可能导致无法正常进行经营活动，甚至面临行政处罚。
- 若企业在补办过程中提供虚假材料或隐瞒重要信息，可能面临更严重的法律后果，包括但不限于罚款、吊销营业执照等。
总结来看，公司有案件在身并不影响其补办营业执照的基本权利。但企业在补办过程中应确保材料的真实性和完整性，并积极配合工商行政管理部门的审查工作。若有问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。