若借款已经还清但未收回借条，在出借人起诉要求再次还款的情况下，法院的判决会依据双方举证情况来定。具体分析如下：
一、还款人能提供有效证据的情况
- 证据类型：还款人若能拿出转账记录、收款收据、聊天记录、证人证言等能证实还款事实的证据，这些证据应能形成完整的证据链，证明借款已经还清。
- 法院判决：在这种情况下，法院一般会认定债务已经消灭，驳回出借人的追债诉求。因为根据“谁主张，谁举证”的原则，还款人已经提供了充分的证据来证明自己的还款行为。
二、还款人无法提供有效证据的情况
- 出借人持借条起诉：若还款人无法提供有效证据证明还款，而出借人持有借条起诉要求还款，依据借条的证据优势，法院可能会支持出借人的诉求，判决还款人再次偿还借款。
- 举证责任：在这种情况下，还款人需要承担举证不能的法律后果，即可能面临败诉的风险。
三、法律建议与风险防范
- 还款时收回借条或要求出借人出具收条：为了避免此类纠纷的发生，还款人在还款时应当尽量收回借条，或者要求出借人出具借款还清的凭证，如收条等，明确借款已经还清、借条作废等内容。
- 选择有迹可循的还款方式：还款时，应选择银行转账等能留记录的方式，并备注“归还某笔借款”，这样能留存还款证据，避免日后纠纷。
- 积极收集证据应诉：若已出现还款未拿回借条且被起诉的情况，借款人要积极收集转账记录、聊天记录等证据应诉，维护自身合法权益。
四、特殊情况考虑
- 借条转让给第三方：如果出借人将该借条转让给第三方，第三方在不知情的情况下依据借条要求还款，还款人可能会陷入不必要的纠纷。因此，还款人在还款后务必确保借条的收回或作废，以避免此类风险。
举例说明：
假设小张向小李借款并出具了借条。借款到期后，小张通过银行转账的方式还款，但未收回借条。后来，小李持借条将小张诉至法院，要求其再次偿还借款。在诉讼过程中，小张提供了银行转账记录作为还款证据，并解释了未收回借条的原因。法院在审查双方证据后，认为小张提供的转账记录足以证明其已经还款，因此驳回了小李的诉求。
总结与建议：
借款还清但未收回借条的情况下，法院的判决会依据双方举证情况来定。为了避免不必要的纠纷和法律风险，还款人在还款时应当尽量收回借条或要求出借人出具收条，并选择有迹可循的还款方式。若已出现纠纷，应积极收集证据应诉。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。