农村土地纠纷的突出问题主要包括以下几个方面：

一、征地补偿纠纷

这是当前土地纠纷中涉及农户多、政策性强、调解难度大的问题。在农户土地被征收过程中，可能会因补偿标准不一致、被征用土地的实有面积有争议、土地上种植物的价值评估不同、补偿费用的发放标准不统一，或补偿费用兑现不及时等问题引发纠纷。

二、土地承包纠纷

这类纠纷主要发生在集体所有的耕地承包过程中，可能涉及承包合同的签订、履行等环节。例如，对集体成员以外的人发包，或者承包条件因人而异等都可能引发争议。此外，随着国家土地政策的调整，土地收益大幅提升，也导致了此类纠纷数量的上升。

三、土地边界纠纷

当事双方因为所使用土地的边界发生的争议，这类纠纷多发生在直接相邻的两方或者多方土地之间，也可能由于边界模糊，使得双方难以分辨而引发争议。此类纠纷在收种季节尤为多见，虽然一般处置难度不大，但也可能因处理不当而引发更大的矛盾。

四、宅基地纠纷

农村宅基地管理相对混乱，违规建房、私搭乱建情况较为突出，这很容易引发矛盾。此外，相邻宅基地之间的边界问题也是宅基地纠纷的重要原因。

五、家庭土地纠纷

随着时间的推移，农村家庭因人口变动（如死亡、搬迁、子女升学、嫁娶、生子等）或“分家”习惯等原因，可能导致分地不公等情况，进而引发家庭内部成员之间的纠纷。

这些纠纷的产生往往与基层干部法律观念淡薄、农民契约意识不强、立法方面存在不足以及土地征用透明度不高等因素有关。为了有效处置这些纠纷，需要政府、法院、村委会等多方共同努力，通过及时冷静处理、部门联动、慎用处罚以及超前预防等措施来化解矛盾，维护农村社会的和谐稳定。