房屋被他人侵占，损害赔偿的法律依据主要包括以下方面：
物权保护与侵权责任：
- 根据《民法典》第二百三十五条，无权占有不动产的，权利人可以请求返还原物。因此，房屋所有权人有权要求侵占人停止侵占、返还房屋。
- 同时，依据《民法典》第一千一百六十五条，因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。侵占人需赔偿因侵占行为给房屋所有权人造成的损失，包括但不限于房屋内部设施损坏或无法正常使用房屋的经济损失。
损害赔偿的具体内容：
- 财产损失赔偿：需根据房屋被侵占期间的市场租金等合理收益来确定，以弥补房屋所有者因无法正常使用房屋所遭受的经济损失。
- 修复费用赔偿：若侵占行为导致房屋出现损坏，应按照恢复房屋原状所需的合理费用进行赔偿，包括维修所需材料及人工费用等。
- 精神损害赔偿：在侵占行为严重影响房屋所有者的居住安宁等情况下，可根据具体情节判定是否给予精神损害赔偿，赔偿数额需综合多方面因素考量。
- 其他合理费用赔偿：如因房屋被侵占导致所有者产生的寻找替代居住场所的临时居住费用等，也应予以赔偿。
法律后果与处理方式：
- 房屋所有权人在发现房屋被侵占后，应首先收集相关证据，包括照片、视频、证人证言等，以证明侵占事实的存在。
- 尝试与侵占人进行友好协商，要求其主动搬离房屋；协商不成时，可向基层调解组织申请调解。
- 在侵占行为涉嫌犯罪或侵占人拒绝停止侵占行为时，房屋所有权人可向公安机关报案，由公安机关依法处理。
- 作为最终手段，房屋所有权人可向人民法院提起诉讼，要求侵占人承担法律责任，并申请先予执行，要求法院责令侵占人立即停止侵占行为、搬离房屋。
综上所述，房屋被他人侵占时，房屋所有权人可依据《民法典》的相关规定要求侵占人停止侵占、返还房屋，并赔偿因此造成的损失。在处理此类纠纷时，应注重证据的收集、尝试协商解决，必要时寻求法律途径以确保合法权益得到有效保障。