二轮土地承包后，部分地区确实进行了土地确权工作，但并非所有地区都统一进行了确权，这取决于当地的政策安排和实际情况。以下是对此问题的详细分析：
一、可以确权的情况
合法流转且手续完备的土地：
- 如果在二轮土地承包后，土地通过合法流转方式（如转让、互换、出租等）进行了再次承包，并且流转手续完备，签订了规范的流转合同，那么这部分土地是可以进行确权的。确权时，会依据流转合同等合法文件，将土地承包经营权确定给当前的承包方。
新开垦且符合规定的土地：
- 对于二轮土地承包后新开垦的土地，如果开垦过程符合当地土地利用规划和相关规定，且经过了合法的审批程序，那么这部分土地也是可以进行确权的。例如，农户在得到村集体许可后，将一片荒地开垦为耕地并多年耕种，该土地在确权工作中可按规定进行确权。
集体预留机动地规范处理后：
- 村集体通常会预留一定比例的机动地用于解决新增人口的土地需求等问题。若这些机动地在二轮承包时未分配，后续村集体按照民主程序对机动地进行规范处理（如公开招标、协商等方式承包给农户），并签订了合法有效的承包合同，则这部分土地同样可以进行确权登记。
二、不能确权或需特殊处理的情况
违法占用的土地：
- 未经合法审批私自占用的土地，如占用基本农田进行非农业建设或未经许可在集体土地上建造房屋等，不仅不能确权，还可能面临被依法拆除、恢复原状等处罚。
权属存在争议的土地：
- 当土地的所有权或使用权存在争议时，无法进行确权登记。只有明确了土地的权属，才能进行合法的确权。例如，两个农户对同一片土地的使用权存在争议，在争议未通过合法途径解决之前，该片土地不会进行确权登记。
违反规定的二次承包：
- 若二次承包行为违反法律法规，如未经发包方同意私自转让或改变土地农业用途，土地承包经营权一般应恢复到原合法状态。对于违法行为，需纠正并恢复土地原状后，再按合法程序确权；若无法恢复原状，可能导致二次承包关系无效，土地由发包方依法收回。
三、确权申请的建议步骤
查看当地政策：
- 不同地区的土地政策可能存在差异，一些地区可能针对二轮土地承包后的土地确权出台了特定的政策或补救措施。因此，建议首先咨询当地农业农村部门或相关政府机构，了解具体的政策规定。
准备证明材料：
- 如果土地未参加二轮承包的确权是由于历史遗留问题或特殊原因造成的，应尝试收集并提供相关证明材料来支持确权申请。这可能包括耕作记录、证人证言、历史文件、流转合同等。
遵循法律程序：
- 确权申请需要按照法律程序进行，包括提交申请材料、接受政府部门的审核和调查等。在这个过程中，建议积极配合相关部门的工作，提供必要的协助和信息。
处理争议：
- 如遇争议或纠纷，如土地权属争议、承包合同争议等，应及时寻求法律援助或咨询当地政府部门解决。必要时，可通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：二轮土地承包后是否进行确权，取决于多种因素，包括土地的合法性、当地政策和法律法规等。如果您有关于二轮土地承包后确权的具体问题或需求，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供准确的法律建议。