虚开发票抵扣13万元税款的行为已涉嫌刑事犯罪，需承担刑事责任，同时可能面临行政处罚及民事赔偿责任。具体处理方式需结合案件细节及司法机关认定，以下分情况说明：

1. 刑事责任层面
   根据《刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，虚开税款数额10万元以上即构成“数额较大”，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元至五十万元罚金。
   

• 量刑关键点：
  
  • 虚开税款数额（本案13万元已达立案标准）；
    
  • 是否存在主观故意（如为少缴税款、套取资金等）；
    
  • 是否造成国家税款损失（如已实际抵扣）；
    
  • 是否存在自首、立功、退赃等从轻情节。
    
• 典型案例参考：司法实践中，虚开税款13万元且无减轻情节的，基准刑通常在3-4年有期徒刑，并处罚金。

1. 行政处罚层面
   即使未被追究刑事责任，税务机关仍可依据《税收征收管理法》第六十三条进行处罚：
   

• 追缴税款：要求补缴已抵扣的13万元税款；
  
• 滞纳金：按日加收万分之五的滞纳金；
  
• 罚款：处不缴或少缴税款50%至5倍的罚款（即6.5万至65万元）；
  
• 信用惩戒：纳入税收违法“黑名单”，限制高消费、出境等。

1. 民事赔偿层面
   若虚开发票行为导致合作方（如受票方）遭受损失（如被税务机关处罚、合同无效等），需承担民事赔偿责任。例如：
   

• 受票方因发票无效无法抵扣税款，可要求虚开方赔偿税款损失；
  
• 若虚开发票用于融资、报销等，可能涉及返还非法所得或赔偿实际损失。

行动建议：

1. 立即停止违法行为：若尚未被税务机关或公安机关察觉，应第一时间停止虚开发票行为，避免损失扩大；
   
2. 主动补缴税款及罚款：向税务机关自首并补缴税款，可争取从轻或减轻行政处罚；
   
3. 委托律师介入：刑事案件中，律师可协助争取取保候审、认罪认罚从宽、缓刑等量刑优惠；行政案件中，可代理听证、复议或诉讼，维护合法权益；
   
4. 配合调查：如实说明情况，避免隐瞒或伪造证据，否则可能加重处罚。

风险提示：

• 虚开发票行为具有“穿透性”，即使通过中间人操作，最终责任仍可能追溯至实际控制人或受益人；
  
• 税务机关与公安机关已建立“行刑衔接”机制，行政处罚后仍可能移送司法机关追究刑事责任；
  
• 企业涉案的，法定代表人、财务负责人等直接责任人员可能被追究个人责任。
  

如有进一步细节（如虚开方式、是否已立案、是否退赃等），可向我补充说明，以便更精准分析。