根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条第一款的规定，对于上道路行驶的机动车，如果存在未悬挂机动车号牌、未放置检验合格标志或保险标志、未随车携带行驶证或驾驶证的情况，公安机关交通管理部门会采取一系列处罚措施。现在，我将为您详细解读这些处罚措施，并回答您关于是否会留案底的问题。
一、处罚措施
扣留机动车： 当发现上述违规行为时，公安机关交通管理部门会立即扣留机动车，以确保道路交通安全，防止不合规车辆继续上路行驶。
通知补办手续： 扣留机动车后，交管部门会通知当事人尽快提供相应的牌证、标志或补办相应手续，给予当事人一个改正错误的机会。
罚款与记分：
及时退还机动车： 一旦当事人提供了相应的牌证、标志或补办了相关手续，交管部门应当及时退还机动车。
二、是否会留案底
关于您关心的“是否会留案底”的问题，我需要明确一点：这里的“案底”通常指的是犯罪记录，即因犯罪行为而被法院判决有罪并留下的记录。而交通违法行为的处罚，如罚款、记分、扣留机动车等，并不属于犯罪行为，因此不会留下犯罪记录或“案底”。
然而，这些交通违法行为会被记录在您的交通违法记录中，作为您交通违法历史的证据。这些记录可能会影响您的驾驶证申领、换证、审验等业务，也可能在您购买保险、申请贷款等场合被相关机构查询并作为参考。
三、建议与咨询
为了避免交通违法行为带来的不便和损失，我建议您在驾驶机动车上道路行驶前，务必仔细检查是否携带了所有必要的证件和标志，确保车辆合法上路。如果您对交通法规有任何疑问或需要更具体的解答，我建议您咨询专业的法律人士或交通管理部门，他们可以根据您的具体情况提供针对性的法律意见和帮助。
综上所述，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条第一款的规定，对于上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌、未放置检验合格标志、保险标志，或未随车携带行驶证、驾驶证的情况，交管部门将依法采取扣留机动车、通知补办手续、处以罚款等措施。这些处罚不会留下犯罪记录或“案底”，但会被记录在您的交通违法记录中。因此，我建议您严格遵守交通法规，确保驾驶行为合法合规。