正科级干部贪污一百万元，一般会被判处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或者没收财产，但具体量刑需结合案件具体情况综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 贪污罪的基本量刑标准
   根据《刑法》第三百八十三条，贪污数额较大（3万元以上不满20万元）的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大（20万元以上不满300万元）的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或没收财产；数额特别巨大（300万元以上）的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑，并处罚金或没收财产。
   本案中贪污100万元属于“数额巨大”范畴，基准刑为三年以上十年以下有期徒刑，但需结合其他情节调整。

2. 量刑的调整因素

   • 从重情节：若存在索贿、多次贪污、贪污救灾等特定款物、造成重大损失或恶劣影响等情形，可能从重处罚，甚至突破基准刑上限。
     
   • 从轻情节：若存在自首、立功、退赃退赔、认罪认罚、初犯等情节，可能从轻或减轻处罚。例如，全额退赃并认罪认罚的，可能降至三年有期徒刑并适用缓刑。
     
   • 职务影响：正科级干部属于基层领导干部，其贪污行为可能因损害公信力被酌情从重，但法律未明确规定职务等级直接影响量刑，仍需以数额和情节为核心。

3. 司法实践中的常见情形

   • 无加重情节：若贪污100万元且无其他恶劣情节，法院通常在三至五年有期徒刑幅度内量刑，并处罚金。
     
   • 有减轻情节：如退赃、认罪认罚等，可能判三年有期徒刑并缓刑（需符合缓刑条件）。
     
   • 有加重情节：如贪污扶贫款、导致群众集体上访等，可能判五至十年有期徒刑。

4. 程序与证据要求
   贪污罪需由监察机关立案调查，移送检察机关审查起诉后，由法院依法审判。定罪需证明行为人利用职务便利，通过侵吞、窃取、骗取等手段非法占有公共财物，且数额达到100万元。证据需形成完整链条，排除合理怀疑。

总结：正科级干部贪污100万元的量刑需以“数额巨大”为基准，结合具体情节调整。若您涉及相关案件或需进一步分析，可直接向我咨询具体细节。