结论：注册地和工厂不在同一地址，不影响申请查封扣押，只要符合法定条件，法院仍可对工厂实施查封扣押措施。以下从不同角度展开分析：

1. 法律依据角度
   根据《民事诉讼法》第103条，法院可对“与案件有关的财物”采取保全措施，包括查封、扣押。法律未要求被保全财产必须位于公司注册地，只要财产与案件存在关联性（如属于被执行人所有或与争议标的直接相关），即可成为保全对象。例如，工厂设备虽不在注册地，但若属于被执行人财产，法院仍可查封。

2. 财产关联性角度
   查封扣押的核心是财产与案件的关联性，而非物理位置。若工厂设备、原材料等财产涉及合同纠纷、侵权赔偿等案件标的，即使工厂地址与注册地分离，法院仍可依申请或依职权采取保全措施。例如，买卖合同纠纷中，买方申请保全卖方工厂的货物，法院可查封该批货物，无论工厂是否在注册地。

3. 执行程序角度
   在执行阶段，法院可通过调查被执行人财产线索（如银行账户、不动产、动产等）实施查封扣押。若工厂财产属于被执行人名下，法院可依据《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》第38条，对异地财产采取执行措施。实践中，法院常通过委托异地法院协助执行，突破地域限制。

4. 例外情形提示
   需注意两种特殊情况：

   • 若工厂财产已设立抵押权，且抵押权人非申请保全人，法院查封可能受《民法典》第406条限制（需保障抵押权人优先受偿权）；
     
   • 若工厂财产属于案外人所有，案外人可依据《民事诉讼法》第234条提出执行异议，法院需审查财产权属后决定是否解除查封。

建议：若您需申请查封扣押，应重点准备以下材料：

1. 财产权属证明（如购买合同、发票、产权证）；
   
2. 财产与案件关联性的证据（如合同、侵权证据）；
   
3. 财产具体位置信息（如工厂地址、财产清单）。
   如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您分析。