结论前置：在交通事故赔偿中，如果车辆维修费用超过了5000元，但对方不赔付全部金额，是否可以只赔付部分，这并非由一方随意决定，而是需要根据事故责任划分、保险情况以及实际损失来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 事故责任划分角度：

   • 在交通事故中，责任划分是赔偿的基础。如果事故责任完全在对方，那么对方应当承担全部的维修费用，包括超过5000元的部分。
   • 如果双方都有责任，那么赔偿金额将根据各自的责任比例来分担。例如，如果对方承担70%的责任，那么对方应赔付维修费用的70%，剩余部分由您自行承担。

2. 保险情况角度：

   • 如果对方车辆购买了交强险和商业三者险，那么维修费用（包括超过5000元的部分）通常可以由保险公司来赔付。在这种情况下，对方不赔付全部金额的情况较少，因为保险公司会根据实际损失和责任划分来赔付。
   • 如果对方车辆没有购买足够的保险或者没有购买商业三者险，那么超出交强险赔付限额的部分，可能需要由对方个人来承担。如果对方经济能力有限，可能无法赔付全部金额，这时您可能需要通过法律途径来追讨赔偿。

3. 实际损失角度：

   • 维修费用应当以实际损失为准。如果车辆维修确实需要超过5000元，那么对方应当赔付这部分实际损失。
   • 如果对方对维修费用有异议，可以要求对方共同委托第三方机构进行评估，或者通过法律程序来确定实际损失金额。

法律建议：

• 首先，与对方进行协商，明确事故责任和赔偿金额。如果对方同意赔付全部维修费用，那么问题就得到了解决。
• 如果协商不成，您可以考虑向保险公司报案，并让保险公司介入处理。保险公司会根据事故责任和保险条款来赔付维修费用。
• 如果保险公司也无法解决问题，或者对方没有购买足够的保险，您可以考虑通过法律途径来追讨赔偿。这包括向法院提起诉讼，要求对方赔付实际损失。

可能法律后果：

• 如果对方不赔付应当承担的维修费用，您有权通过法律途径来追讨。法院会根据事故责任、保险情况和实际损失来判决对方赔付相应金额。
• 如果对方拒不执行法院判决，您还可以申请强制执行，法院会采取相应措施来强制对方履行赔偿义务。

总之，在交通事故赔偿中，对方是否赔付全部维修费用并非由一方随意决定。如果遇到对方不赔付全部金额的情况，建议您先与对方协商，协商不成再考虑通过保险公司或法律途径来解决问题。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。