药店存在违法经营情形时，原则上不得进行合法转让。具体分析如下：

1. 违法经营状态下的主体资格受限
   根据《药品经营质量管理规范》及《行政许可法》相关规定，药店的《药品经营许可证》等行政许可资质与经营主体直接绑定。若药店存在未取得许可擅自经营、超范围经营、销售假劣药品等违法行为，其经营资质可能被行政机关依法暂停、撤销或吊销。在此状态下，药店作为违法主体已丧失合法经营资格，不具备转让的法定前提。

2. 转让行为的合法性风险
   即使双方签订转让协议，若药店存在未处理的违法记录（如行政处罚未履行、刑事责任未追究），转让行为可能涉及以下法律问题：

• 行政责任：根据《药品管理法》第一百一十五条，未取得药品经营许可证经营药品的，将面临没收违法所得、罚款（货值金额十五倍以上三十倍以下）等处罚；若转让方隐瞒违法事实，可能被认定为共同违法主体。
  
• 刑事责任：若违法经营行为构成非法经营罪、生产销售假劣药罪等，转让方与受让方可能共同承担刑事责任。
  
• 合同效力：根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规强制性规定的合同无效。若转让协议涉及违法经营内容，可能被法院认定无效，导致受让方权益无法保障。

1. 合法转让的必备条件
   若药店希望合法转让，需先完成以下整改：
   

• 消除违法状态：如补办许可手续、缴纳罚款、完成行政处罚程序等；
  
• 完成税务清算：确保无偷逃税款等违法行为；
  
• 办理变更登记：依法向药品监管部门申请变更经营主体，并公示相关信息。
  

建议：若您涉及药店转让，务必先委托律师对药店的合规情况进行全面尽职调查，确保无未处理的违法记录后再推进转让程序。如有具体案件细节，可进一步向我说明，我将为您提供针对性法律方案。