针对您提出的问题，即“对方住在城里已经三年了，户口在农村里，我起诉离婚可以在城市法院吗”，我们可以根据相关的法律规定和司法实践来进行分析。
首先，我们需要明确的是，在离婚诉讼中，管辖法院的确定通常遵循“原告就被告”的原则，也就是说，一般情况下，离婚诉讼应由被告住所地的人民法院管辖。然而，当被告的住所地与经常居住地不一致时，应由经常居住地的人民法院管辖。这里的“经常居住地”，指的是公民离开住所地至起诉时已连续居住一年以上的地方。
现在，我们根据您提供的情况来具体分析：
对方住在城里已经三年：这表明对方在城里有一个连续的居住地，并且已经居住超过了法律规定的“一年以上”的时间。因此，这个居住地可以被认定为对方的经常居住地。
户口在农村里：虽然对方的户口在农村，但这并不影响其经常居住地的认定。户口所在地只是公民的户籍登记地，而经常居住地则是公民实际居住并生活的地方。
起诉离婚可以在城市法院吗：根据前面的分析，如果对方在城里已经连续居住三年以上，那么这个居住地就是其经常居住地。因此，您作为原告，可以选择在对方经常居住地（即城里）的人民法院提起离婚诉讼。
综上所述，您可以在对方经常居住地的城市法院提起离婚诉讼。但为了确保诉讼的顺利进行，您需要准备一些相关的证据材料，如对方在城里的居住证明（如租房合同、物业证明、社区证明等），以证明对方确实在城里连续居住了一年以上。这些证据将有助于法院确认对方的经常居住地，并进而确定管辖法院。