自然资源部门对10年前发现但未查处的违法占用土地行为，在十年后再进行查处，其合法性需结合具体情况分析，但一般而言，若符合法定程序和条件，该查处行为可以是合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、从行政处罚的时效性角度分析
行政处罚的时效规定：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。
- 对于土地违法案件，虽然《土地管理法》等法律法规并未直接规定处罚时效，但通常应参照《行政处罚法》的时效规定执行。然而，若违法占用土地的行为持续存在（如持续占用未归还），则可能不受上述时效限制。
时效中断与延长：
- 如果在发现违法行为后，自然资源部门因某种原因（如调查取证困难、当事人不配合等）未能及时查处，但后续又发现了新的证据或情况，导致需要重新启动查处程序，这可能构成时效的中断或延长。但这种情况需要严格的法律程序和证据支持。
十年后再查处的合法性：
- 如果违法占用土地的行为在十年前被发现但未查处，且该行为在十年内持续存在，那么自然资源部门在十年后仍有权进行查处，因为该行为并未超过法定的处罚时效（若视为持续违法行为）。
- 如果违法占用土地的行为在十年前已经停止，且自然资源部门在十年内未进行查处，那么十年后再进行查处可能面临时效上的挑战。但具体是否合法，还需结合案件的具体情况、证据以及相关法律法规进行综合判断。
二、从行政程序的合法性角度分析
查处程序的合法性：
- 自然资源部门在查处违法占用土地行为时，必须遵循法定的程序，包括立案、调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定等。
- 如果自然资源部门在十年后进行查处时，能够严格按照法定程序进行，且证据充分、事实清楚，那么该查处行为在程序上是合法的。
证据的收集与保存：
- 自然资源部门在查处违法占用土地行为时，必须收集充分的证据来支持其处罚决定。
- 如果在十年前发现违法行为时，自然资源部门已经收集了相关证据，但因某种原因未及时查处，且这些证据在十年后仍然有效（如照片、视频、证人证言等），那么这些证据可以作为十年后查处的依据。
- 如果在十年后重新收集证据，必须确保证据的合法性和关联性，且能够证明违法占用土地行为的存在和性质。
三、法律建议与后果
对自然资源部门的建议：
- 自然资源部门在发现违法占用土地行为后，应及时进行查处，避免因拖延而导致时效上的问题。
- 如果因某种原因未能及时查处，应确保在后续查处过程中严格遵守法定程序，收集充分的证据来支持其处罚决定。
对违法占用土地者的后果：
- 如果自然资源部门在十年后对违法占用土地行为进行查处，且查处行为合法有效，那么违法占用土地者将面临相应的行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令退还非法占用的土地等。
- 如果违法占用土地者对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，自然资源部门对10年前发现但未查处的违法占用土地行为在十年后再进行查处，其合法性需结合具体情况分析。如果违法占用土地的行为持续存在且自然资源部门能够严格按照法定程序进行查处，并收集充分的证据来支持其处罚决定，那么该查处行为可以是合法的。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。