关于合格证、质检报告与合同主体不一致是否合法的问题，需分情况讨论：

1. 若合同明确约定产品需附带特定公司的合格证或质检报告

   • 不合法：根据《民法典》第五百零九条，当事人应按约定全面履行义务。若合同明确要求产品附带A公司合格证/质检报告，但实际提供的是B公司文件，则构成违约。买方有权要求卖方承担违约责任（如更换文件、赔偿损失等）。
   • 例外情形：若合同仅约定“需提供合格证/质检报告”但未限定出具主体，且B公司文件真实有效，则可能不构成违约。但需注意，若产品涉及特殊行业（如食品、医疗器械），可能需特定机构认证，此时B公司文件需符合行业规范。

2. 若合同未约定合格证/质检报告的出具主体

   • 原则合法：法律未强制要求合格证/质检报告必须与合同主体一致。只要文件真实、合法、有效（如由有资质的第三方机构出具），且能证明产品符合质量标准，即不违法。
   • 风险提示：若买方能证明因主体不一致导致其遭受损失（如无法通过验收、被行政处罚），可能以“瑕疵履行”为由要求卖方承担责任。建议卖方在合同中明确文件出具主体的要求，避免纠纷。

3. 特殊行业或强制认证情形

   • 不合法：若产品属于需强制认证的范围（如3C认证、特种设备），且合同明确约定需提供特定认证机构的文件，则主体不一致可能违反《强制性产品认证管理规定》等法规，导致产品无法合法销售或使用。
   • 建议：卖方应确保合格证/质检报告的出具主体符合行业规范，并在合同中明确认证要求。

法律建议：

• 对卖方：在合同中明确合格证/质检报告的出具主体、格式及认证要求，避免模糊条款。交付时提供文件复印件并加盖公章，证明真实性。
• 对买方：收到文件后核查出具主体资质及文件内容，如发现不一致或疑问，及时书面提出异议并留存证据。

后续行动指引： 若您已因此问题产生纠纷，建议提供合同文本、合格证/质检报告及沟通记录，以便进一步分析违约责任及赔偿范围。可直接向我咨询具体处理方案。