企业虚假出资的立案管辖权主要归属于公安机关，具体由公司注册地或主要经营地的公安机关负责立案侦查。以下是对此问题的详细分析：
一、虚假出资罪的定义与立案标准
虚假出资罪是指公司发起人、股东违反公司法的规定，未交付货币、实物或未转移财产权，虚假出资或抽逃出资，且数额巨大、后果严重或有其他严重情节的行为。根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》的相关规定，虚假出资的立案标准综合考量了虚假出资的数额、造成的经济损失以及其他严重情节等多个方面。具体来说：
虚假出资数额标准：
- 对于有限责任公司，股东虚假出资数额在三十万元以上并占其应缴出资数额百分之六十以上的，应予立案追诉。
- 对于股份有限公司，发起人、股东虚假出资数额在三百万元以上并占其应缴出资数额百分之三十以上的，同样应予立案追诉。
经济损失标准：
- 无论虚假出资还是抽逃出资，只要造成公司、股东、债权人的直接经济损失累计数额在十万元（部分条款提及五十万元，具体以最新修订标准为准）以上的，均应予立案追诉。
其他严重情节：
- 致使公司资不抵债或无法正常经营的；
- 公司发起人、股东合谋虚假出资或抽逃出资的；
- 两年内因虚假出资或抽逃出资受过行政处罚二次以上，又实施相同行为的；
- 利用虚假出资或抽逃出资所得资金进行违法活动的。
二、立案管辖权的确定
地域管辖：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。在虚假出资罪中，犯罪地通常包括公司注册地或主要经营地，因此，这些地区的公安机关具有立案管辖权。
级别管辖：
- 虚假出资罪属于公安机关管辖的刑事案件，通常由基层公安机关负责立案侦查。但在某些特殊情况下，如案件涉及面广、影响重大等，可能由上级公安机关指定管辖或直接立案侦查。
三、法律建议与提醒
严格遵守法律法规：
- 公司发起人、股东应严格遵守公司法规定的出资义务，确保资金的真实投入和合法使用。避免虚假出资或抽逃出资行为的发生，以免触犯法律。
加强内部监管：
- 公司应建立健全的内部监管机制，加强对股东出资行为的监督和管理。及时发现并纠正虚假出资或抽逃出资行为，防止问题扩大化。
及时咨询法律专业人士：
- 如遇到相关法律问题或疑问，公司发起人、股东应及时咨询法律专业人士以获取准确的法律意见和帮助。避免因不了解法律而陷入法律纠纷或承担不必要的法律责任。
作为专业律师，我建议公司发起人、股东在设立公司或增资扩股时务必谨慎行事，确保出资的真实性和合法性。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。