在职员工在合法权益受到公司侵害时，确实有权依法起诉公司，但需遵循一定的法律程序和条件。以下从多个角度为您详细分析：
一、起诉的法律依据与条件
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》和《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，劳动者在其合法权益受到侵害时，有权要求有关部门依法处理，或依法申请仲裁、提起诉讼。具体起诉条件包括：
- 原告资格：在职员工作为原告，需与所诉事项有直接利害关系。
- 明确的被告：被告为员工所在的公司。
- 具体的诉讼请求和事实、理由：员工需明确诉讼请求，并提供相关事实和理由来支持其主张。
- 受理范围：所诉事项需属于民事诉讼的受理范围，并选择正确的人民法院进行起诉。
二、劳动纠纷方面的起诉情形
在职员工在以下劳动纠纷情形下，可以起诉公司：
- 未足额支付劳动报酬：若公司存在克扣工资、不按劳动合同约定发放工资或拖欠加班工资等情况，员工可起诉要求补足工资差额及支付赔偿金。
- 未依法缴纳社会保险：公司需按时、足额为员工缴纳社保。若未履行此义务，导致员工无法享受社保待遇，员工可起诉要求补缴社保并赔偿损失。
- 违法解除或终止劳动合同：公司无正当理由辞退员工或在不符合法定条件下解除劳动合同，员工可起诉要求支付赔偿金，通常为经济补偿标准的二倍。
三、工伤方面的起诉情形
对于职员工伤问题，一般应先进行工伤认定和劳动仲裁程序，对仲裁结果不服或公司不履行赔偿协议时，方可向法院提起诉讼。具体情形包括：
- 对仲裁结果不服：职工对仲裁裁决不服的，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 公司不履行协议：在工伤处理过程中，若职工与公司达成了赔偿协议但公司不履行，职工可以直接向法院提起民事诉讼，要求公司履行协议并承担违约责任。
- 特殊情况下的直接起诉：在用人单位否认劳动关系且无法通过劳动仲裁确认，导致无法进行工伤认定时，若职工能证明因工作原因受到伤害且公司存在过错，可以按照一般民事侵权责任向法院起诉公司要求赔偿。但这种情况较为罕见，需具体案件具体分析。
四、起诉前的准备与流程
在决定起诉前，员工应做好以下准备并遵循相应流程：
- 协商与调解：尝试通过协商、调解等方式解决劳动争议。依据《中华人民共和国劳动法》，劳动争议发生后，可向劳动争议调解委员会申请调解。
- 劳动仲裁：对于劳动争议案件，员工在起诉前必须先经过劳动仲裁程序。即先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，方可向人民法院提起诉讼。
- 证据收集：证据的收集至关重要。员工需准备与公司存在劳动关系的证明材料（如劳动合同、工资单、工作证明等），以及支持自己诉讼请求的相关证据（如公司违法行为的证据、损害事实的证据等）。
五、起诉的程序与注意事项
- 起诉程序：根据《中华人民共和国民事诉讼法》，员工需向人民法院递交起诉状，并按被告人数提出副本。如书写起诉状确有困难，可口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
- 时效问题：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。员工应在此时效期内提起仲裁申请，否则可能因超过时效而丧失权利。
- 潜在影响：虽然法律诉讼是解决争议的一种手段，但也可能对工作环境和职业发展产生影响。因此，在决定采取法律行动前，员工应慎重考虑。
综上所述，在职员工在合法权益受到公司侵害时，有权依法起诉公司，但需遵循一定的法律程序和条件。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。