违法所得追回后，一般应返还给受害单位（即公司），若存在剩余部分则依法上缴国库。具体处理方式需结合案件实际情况，分以下几种情况说明：

1. 返还给受害单位（公司）
   根据《刑法》第六十四条及《刑事诉讼法》相关规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。

   • 操作流程：法院在判决生效后，会责令被告人退赔违法所得，并直接返还给被害单位（公司）。若公款已被挪用至个人账户或第三方，追回后需全额返还公司，弥补其经济损失。
     
   • 法律依据：《刑法》第二百七十二条（挪用资金罪）明确规定，退赔违法所得是量刑情节之一，同时需保障公司财产权。

2. 上缴国库（若存在剩余或无法返还）

   • 剩余部分处理：若追回的违法所得超过公司实际损失（如挪用期间产生利息），超出部分需依法上缴国库。
     
   • 无法返还的情形：若公司已注销或无法确认受害单位，追回款项会由法院上缴国库。
     
   • 法律依据：《刑事诉讼法》第二百四十五条明确，对查封、扣押、冻结的财物及其孳息，经查明确实与案件无关的，应当在三日以内解除查封、扣押、冻结，予以退还；与案件有关的，应依法处理。

3. 特殊情形：民事赔偿与刑事追缴的衔接

   • 公司另行提起民事诉讼：若刑事追缴未完全覆盖公司损失（如挪用导致间接损失），公司可单独提起民事诉讼，要求被告人赔偿。但刑事判决中已退赔的部分，通常会在民事诉讼中予以扣除。
     
   • 执行优先顺序：在执行阶段，刑事退赔优先于民事赔偿，确保公司财产权优先受偿。

建议：公司应配合司法机关提供损失证明、财务记录等证据，确保退赔金额准确；若涉及复杂财产处置（如房产、股权），可申请法院委托专业机构评估，避免价值贬损。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理流程。