借款机构收取服务费是否合法，需根据具体情况及法律规定进行综合判断，以下分情况说明：
一、合法收取服务费的情况
金融机构合法收取：
- 正规金融机构（如银行）在提供贷款服务时，除利息外，可能会根据相关规定和合同约定收取服务费用，以覆盖贷款审批、风险管理、账户管理等成本。这些收费项目和标准必须在法律法规允许的范围内，并在借款合同中明确告知借款人。例如，银行发放住房贷款时收取的贷款手续费，需经过监管部门批准，且在合同中明确约定。
民间借贷中的合理约定：
- 在民间借贷中，借贷双方可以自愿约定合理的服务费用，该费用加上利息等综合成本不能超过法定的利率上限。双方需签订书面合同，明确服务费的具体金额、支付方式及用途等，确保费用透明、合理，且为双方真实意思表示。例如，若双方约定服务费为借款金额的1%，且该费用加上利息未超过法定利率上限，则该服务费收取是合法的。
合同条款明确且符合行业惯例：
- 无论何种形式的借款，借款合同中必须明确载明服务费的相关条款，包括费用金额、支付时间、支付方式及用途等。同时，若收取服务费已成为特定地区或行业内被广泛认可的惯例，且不违反法律、公序良俗，则该惯例可被认定为合法。
二、不合法收取服务费的情况
超过法定利率上限：
- 如果服务费与利息等费用之和超过了法律规定的利率上限，如超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍，则超出部分不具有法律效力。借款人可拒绝支付超出法定利率上限的部分，并已支付的超额部分有权要求返还。例如，若双方约定服务费加上利息超过了法定利率上限，则该服务费收取是不合法的。
套路贷中的虚假收费：
- “套路贷”等违法犯罪行为中，犯罪分子常以收取服务费等名义进行诈骗、敲诈勒索。通过虚构事实、隐瞒真相或制造虚假的借贷合同等手段骗取借款人钱财的行为是违法的，其中的服务费收取也是不合法的。
未明确告知或存在欺诈行为：
- 出借人在借款时未明确告知借款人需要收取服务费，或通过欺诈、误导等手段让借款人在不知情的情况下支付服务费，侵犯了借款人的知情权和选择权。这种行为违背了公平、公正、诚实信用的原则，服务费收取因此被视为不合法。
以服务费之名行非法目的：
- 出借人以收取服务费为幌子，掩盖非法放贷、非法集资等违法犯罪行为，服务费收取不合法，且出借人可能面临法律制裁。
三、建议与注意事项
- 签订书面合同：在进行借款时，双方应签订书面合同，并明确约定服务费的相关条款，包括费用金额、支付时间、支付方式及用途等。
- 仔细阅读合同条款：借款人在签订合同前应仔细阅读并理解合同条款，确保对服务费的收取有充分的了解和认可。
- 咨询专业法律人士：如遇不合法收费或欺诈行为，借款人应及时寻求法律援助，咨询专业法律人士以获取准确的法律意见和帮助。
综上所述，借款机构收取服务费是否合法取决于多种因素，包括服务费的约定是否明确、合理，是否符合相关法律法规及监管政策，以及是否存在非法目的等。 在进行借款时，双方应谨慎对待服务费问题，确保合法合规，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。