当被告因犯非法集资罪而被起诉，而原告原本是基于民间借贷关系提起诉讼时，法院会依据相关法律法规和案件具体情况进行一系列处理。以下是对这一问题的详细解答：

一、刑事立案与审查起诉阶段

1. 刑事立案：

   • 一旦公安机关或检察机关发现民间借贷行为可能涉嫌非法集资犯罪（如非法吸收公众存款罪、集资诈骗罪等），会依法进行刑事立案。
   • 立案后，公安机关会展开全面调查，收集证据，以查明犯罪事实。

2. 移送审查起诉：

   • 调查终结后，若公安机关认为犯罪事实清楚、证据确实充分，会将案件移送检察机关审查起诉。
   • 检察机关会对案件进行全面审查，包括证据的真实性、合法性和关联性，以及犯罪嫌疑人的犯罪情节和社会危害程度，最终决定是否提起公诉。

二、审判阶段

1. 开庭审理：

   • 法院受理案件后，会依法组成合议庭，并公开开庭审理。
   • 在庭审过程中，法院会听取公诉人、被告人及其辩护人的意见，审查证据，查明事实真相。

2. 定罪量刑：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，法院会对被告人是否构成非法集资犯罪进行认定。
   • 若构成犯罪，法院会根据被告人的犯罪情节、社会危害程度等因素，依法判处相应的刑罚，如有期徒刑、罚金等。

3. 涉案财物处理：

   • 对于非法集资所得的财物，法院会依法追缴或责令退赔。
   • 若能明确认定受害者的损失，法院可能会判决被告人向受害者返还资金。但实践中，由于非法集资案件往往涉及大量受害者且资金去向复杂，全额追回资金并返还给所有受害者的难度较大。

三、民事部分处理

1. 借贷合同效力认定：

   • 在非法集资案件中，涉及的民间借贷合同往往因违反法律强制性规定（如涉及非法集资活动）而被认定为无效。
   • 合同无效后，借款人应返还借款本金，但利息通常不予支持（除非能证明借款人明知借款用于非法活动仍出借）。

2. 受害者权益保护：

   • 法院在审理过程中会特别关注受害者的合法权益，尽量通过追缴赃款、责令退赔等方式减少受害者的损失。
   • 同时，法院也会引导受害者通过合法途径（如民事诉讼、申请执行等）维护自身权益，避免引发新的社会矛盾。

四、后续执行与监管

1. 执行程序：

   • 判决生效后，如果被告人未履行判决义务（如返还资金、缴纳罚金等），法院会依法启动执行程序。
   • 通过查封、扣押、拍卖等强制执行措施，尽力实现受害者的债权。

2. 行业监管加强：

   • 针对非法集资案件暴露出的问题，相关部门会加强对金融行业的监管力度，完善法律法规体系。
   • 提高违法成本，从源头上遏制非法集资行为的发生，保护投资者的合法权益。

综上所述，当民间借贷涉嫌非法集资时，法院会依法进行刑事立案、审查起诉、开庭审理、定罪量刑以及涉案财物处理等程序。同时，也会关注民事部分的借贷合同效力认定和受害者权益保护问题。在后续执行阶段，法院会尽力实现受害者的债权，并加强行业监管以遏制非法集资行为的发生。