重大疑难行政案件指定管辖的法律依据主要来源于《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据概述
《中华人民共和国行政诉讼法》：
- 该法第二十三条明确规定了指定管辖的情形。当有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权，或者由原受理案件的人民法院继续行使管辖权会对行政案件的公正审理产生不利影响时，上级人民法院可以决定将案件移交其他有管辖权的人民法院管辖。这一条款为重大疑难行政案件的指定管辖提供了直接的法律依据。
相关司法解释：
- 除了《行政诉讼法》本身，最高人民法院发布的关于行政诉讼管辖的司法解释也是重要的法律依据。这些司法解释可能对指定管辖的具体程序、条件等作出更为详细的规定，以确保指定管辖的合法性和合理性。
二、指定管辖的具体情形
有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权：
- 这可能包括法院内部人员涉及案件、法院所在地发生重大自然灾害等导致法院无法正常行使审判权的情形。在这些情况下，上级人民法院可以指定其他有管辖权的人民法院审理案件。
由原受理案件的人民法院继续行使管辖权会对行政案件的公正审理产生不利影响：
- 这可能涉及案件当事人与法院之间存在某种特殊关系，或者案件本身具有重大社会影响，需要避免地方保护主义等因素对案件审理的干扰。在这些情况下，上级人民法院同样可以指定其他有管辖权的人民法院审理案件，以确保案件的公正审理。
三、指定管辖的程序与效果
程序：
- 指定管辖通常由上级人民法院根据案件的具体情况和需要，作出书面决定，并将决定送达相关人民法院。被指定的人民法院在收到决定后，应当按照决定的要求行使管辖权。
效果：
- 指定管辖的决定一旦作出，即具有法律效力。被指定的人民法院应当依法审理案件，并作出相应的判决或裁定。同时，原受理案件的人民法院应当停止对案件的审理，并将相关材料移送被指定的人民法院。
四、实际案例与启示
在实际操作中，重大疑难行政案件的指定管辖可能涉及复杂的法律问题和程序。例如，在某些涉及地方政府或重要企业的行政案件中，由于地方保护主义或利益冲突等因素，原受理案件的人民法院可能难以保持公正立场。此时，上级人民法院的指定管辖就显得尤为重要。通过指定其他有管辖权的人民法院审理案件，可以确保案件的公正审理，维护法律的权威和尊严。
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