针对您提出的“政府采购项目代理公司收费高于标准怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，政府采购项目代理公司的收费标准并非一成不变，而是受到多种因素的影响，包括采购金额、服务内容、市场竞争、代理机构资质和经验以及地区差异等。这些因素共同决定了代理费用的最终数额。
一、了解收费标准的影响因素
采购金额：采购金额越大，代理机构所需投入的工作量和承担的风险也相应增加，因此代理费用也会相应提高。
服务内容：如果服务内容复杂，涉及招标、投标、评标等多个环节，代理机构需要投入更多的人力、物力和时间，收费标准也会相应提高。
市场竞争：在市场竞争激烈的情况下，代理机构可能会为了争取客户而降低收费标准；反之，在市场供不应求时，代理机构则可能提高收费标准。
代理机构资质和经验：具有更高资质和更丰富经验的代理机构通常能够提供更专业、更高效的服务，因此他们可能会收取更高的费用。
地区差异：不同地区的经济发展水平、物价水平等因素也会影响代理费用的收取。
二、核实收费是否高于标准
在认为代理公司收费高于标准时，您首先需要核实这一点。您可以参考以下方式：
查阅相关法规或行业标准：虽然政府部门没有对招标代理服务收费作出统一的强制标准，但通常会参考历史文件（如《招标代理服务收费管理暂行办法》）中的费率进行计算，并作为协商的基础。您可以查阅这些文件，了解代理费用的合理范围。
咨询行业协会或专业人士：您可以咨询相关的行业协会或专业人士，了解当前市场上的收费水平和行业惯例，以便更准确地判断代理公司的收费是否合理。
三、应对措施
如果经过核实，您发现代理公司的收费确实高于标准，您可以采取以下措施：
与代理公司协商：您可以与代理公司沟通，了解其收费依据和理由，并尝试协商降低收费标准。在协商过程中，您可以提出自己的合理诉求和期望，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求第三方调解或仲裁：如果协商无果，您可以考虑寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。这些机构可以提供专业的调解或仲裁服务，帮助您与代理公司达成公平合理的解决方案。
向相关部门投诉：如果代理公司的收费行为涉嫌违法或违规，您可以向相关部门（如招投标监管机构、市场监管部门等）投诉。这些部门将对代理公司的行为进行调查和处理，维护您的合法权益。
四、建议与总结
为了避免类似情况的发生，我建议您在签订合同时明确约定代理费的支付方式及标准，并密切关注相关政策动态和市场行情。同时，您也可以选择具有良好信誉和口碑的代理机构进行合作，以确保招标活动的顺利进行并维护各方合法权益。
总之，面对政府采购项目代理公司收费高于标准的问题，您需要了解收费标准的影响因素、核实收费是否高于标准，并采取相应的应对措施。希望以上解答能够对您有所帮助。