核心前提：公司代发其他公司员工工资，现需追回该款项，涉及的法律关系可能包括委托代发关系、不当得利返还或可能的侵权责任。
结论与分情况说明：
若存在书面或口头委托代发协议：
- 追回路径：首先，应依据委托协议中的条款，向委托方（即实际应支付工资的公司）主张返还。若协议中明确约定了代发后的结算方式、时间或违约责任，可直接依据协议要求对方履行返还义务。
- 操作建议：收集并整理委托代发协议、代发记录（如银行转账凭证、工资单等）、沟通记录（如邮件、微信等）作为证据，通过书面函件或律师函形式向委托方提出返还要求。若对方拒不履行，可考虑向法院提起民事诉讼，要求返还代发款项及可能产生的利息或违约金。
若无明确委托协议，但存在事实上的代发关系：
- 追回路径：在此情况下，可主张基于不当得利原则要求返还。即，代发公司因代发行为而遭受了财产损失，而受益方（实际应支付工资的公司）无正当理由获得了利益，构成不当得利。
- 操作建议：同样需要收集代发记录、沟通记录等证据，证明代发事实及代发金额。随后，可尝试与受益方协商返还事宜。若协商无果，可向法院提起不当得利返还之诉，要求返还代发款项。
若代发行为涉嫌违法或违规（如协助逃税、洗钱等）：
- 追回路径：在此情况下，代发公司不仅可能面临民事责任，还可能承担行政责任或刑事责任。追回款项的同时，需关注自身行为的合法性，避免进一步法律风险。
- 操作建议：立即停止代发行为，并主动向相关部门（如税务机关、公安机关等）报告情况，配合调查。同时，可尝试与实际应支付工资的公司协商，要求其承担因违法代发而产生的法律责任及款项返还义务。若协商无果，且自身行为确实构成违法或违规，需做好应对行政处罚或刑事追责的准备，并在此过程中积极寻求法律救济，如提起民事诉讼要求返还代发款项（若可能）。
综合建议：无论哪种情况，都应尽快收集并整理相关证据，明确追回款项的法律依据和事实依据。同时，考虑与对方协商解决的可能性，以降低诉讼成本和时间成本。若协商无果，应及时向法院提起诉讼，维护自身合法权益。在处理过程中，如有需要，可随时向我咨询相关法律问题。