已经协商了的案件，是否还能起诉，需根据具体情况及法律规定来判断。以下是从不同案件类型和协商阶段出发的详细分析：
一、民事案件
自行和解：
- 若双方自行和解后，原告选择撤诉，且没有新情况、新理由，在法定期限内（一般为六个月）通常不能就同一事实和理由再次起诉。但值得注意的是，撤诉并不影响上诉权。如果在一审判决后双方达成和解协议但原告未撤诉，当事人仍可在上诉期内依法上诉。
法院主持下调解：
- 在法院主持下，双方达成调解协议并签收调解书后，该调解书具有法律效力，等同于生效判决。因此，生效后不能上诉。但若调解违反自愿原则或内容违法，当事人可申请再审而非上诉。
一审与二审程序中的和解：
- 在一审程序中，如果双方达成和解协议且法院未制作判决书，当事人可以选择撤回上诉继续诉讼。
- 在二审程序中，如果双方达成和解协议并制作调解书后，原审判决视为撤销，此时不能再上诉。但若调解书存在错误或违法情况，当事人可申请再审。
二、刑事案件
自诉案件：
- 在自诉案件中，自诉人在宣告判决前可自行和解或撤回自诉。通常情况下，撤回自诉后不能再上诉。但若符合特定条件（如出现新证据），自诉人可再次提起自诉。
公诉案件：
- 在公诉案件中，刑事和解协议并不影响刑事诉讼程序的正常进行。如果被告人对一审判决不服，仍可在法定上诉期内提出上诉。
三、行政案件
- 在行政诉讼中，一般不适用调解。但行政赔偿、补偿及行政机关行使自由裁量权的案件可以调解。
- 如果双方达成调解协议并签收调解书后，不能上诉。若未达成调解协议或调解书送达前反悔的，人民法院应及时判决。当事人对判决不服时，可在上诉期内提出上诉。
四、再审途径
- 对于已经生效的判决、裁定或调解书，如果符合法律规定的再审条件（如新证据足以推翻原判决、裁定适用法律错误等），当事人可以申请再审。
总结与建议：
- 协商好的案件能否起诉，取决于案件类型、协商阶段、是否签订书面协议或调解书以及具体的法律规定。
- 在实际操作中，建议根据案件的详细情况和相关法律规定来判断。如果仍有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供准确的法律建议。