对于超过年限还在使用中且已报废的拖拉机，处罚措施主要依据相关法律法规对使用报废农业机械及未按规定报废农业机械的行为进行处罚。具体来说：
使用报废农业机械的处罚：
- 根据《农业机械安全监督管理条例》第五十六条，使用已经报废的拖拉机进行作业的，由县级以上地方人民政府农业机械化主管部门责令停止使用，没收报废的农业机械，并处200元以上2000元以下罚款。这一规定明确了对使用报废拖拉机的直接处罚措施，旨在保障农业生产安全，防止因使用报废机械而引发的安全事故。
未按规定报废农业机械的处罚（虽未直接提及拖拉机，但可类比适用）：
- 若拖拉机属于应当报废的农业机械范畴，而使用者未按规定进行报废处理，可能面临类似的处罚。虽然具体条款可能未直接提及拖拉机，但根据农业机械安全管理的整体原则，可以合理推断，对于未按规定报废的拖拉机，相关部门也有权采取相应的处罚措施，以确保农业机械的安全使用和更新换代。
额外提醒与建议：
- 及时报废：对于已达到报废年限或存在严重安全隐患的拖拉机，使用者应及时向相关部门申请报废，以避免因继续使用而引发的法律责任和安全事故。
- 了解报废流程：在报废拖拉机前，使用者应了解当地的报废流程和要求，确保报废过程合法合规。
- 关注政策动态：由于农业机械报废政策可能因地区和时间而有所差异，使用者应关注当地农业机械化主管部门的政策动态，以便及时了解最新的报废要求和补贴政策。
如果您在拖拉机报废或相关法律问题上有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。