针对您提出的“肇事者驾驶证怎么处理”的问题，这主要取决于肇事者的具体行为以及是否构成犯罪。以下我将结合相关法律法规和实际情况，为您详细解答。
首先，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第101条的规定，如果肇事者违反道路交通安全法律、法规的规定，发生重大交通事故并构成犯罪，那么除了依法追究其刑事责任外，公安机关交通管理部门还会吊销其机动车驾驶证。这是法律对肇事者的一种严厉惩处，旨在维护道路交通安全秩序，保护人民群众的生命财产安全。
接下来，我们分情况讨论肇事者驾驶证的处理方式：
肇事者构成交通肇事罪并被法院判决有罪：
- 在这种情况下，肇事者的驾驶证将被公安机关交通管理部门依法吊销。这是法律明确规定的，没有例外。
肇事者涉嫌交通肇事罪但被检察机关作出相对不起诉决定：
- 尽管检察机关作出了相对不起诉决定，但通常是因为肇事者具有自首、获得被害人家属谅解等情节，且犯罪情节轻微。然而，这并不意味着肇事者的行为不构成犯罪。
- 根据相关法律原则和司法实践，即使肇事者未被法院判决有罪，只要其行为构成交通肇事罪，公安机关交通管理部门仍可以依据《道路交通安全法》的规定吊销其驾驶证。这是因为吊销驾驶证的行政处罚条件只需达到“构成犯罪”即可，并不以法院判决为必要条件。
肇事者造成严重后果并被处以长期禁驾：
- 在某些特别严重的交通事故中，如肇事者造成多人死亡或重大财产损失，且其行为构成犯罪，除了吊销驾驶证外，还可能被处以长期甚至终生不得重新申领驾驶证的处罚。这主要依据最新出台的《机动车驾驶证申领和使用规定》等相关法规。
- 例如，您提到的南京案例中，驾驶人马某因严重违反交通管理法规导致行人死亡，并被法院判决构成交通肇事罪。南京市公安局交通管理局依法作出吊销马某机动车驾驶证且十年内不得申领机动车驾驶证的决定，这就是对严重肇事者的一种严厉惩处。
综上所述，肇事者驾驶证的处理方式主要取决于其是否构成犯罪以及犯罪的严重程度。如果构成犯罪，驾驶证通常会被吊销；如果造成特别严重后果，还可能被处以长期或终生禁驾。因此，我建议您在驾驶过程中务必遵守交通法规，确保行车安全，以避免不必要的法律后果。