商户不在注册地实际经营，注册地市场局可以对其违法行为责令整改。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与市场局职权
根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，市场局（原工商行政管理部门）具有对公司等市场主体进行监管的职权。这包括对公司的注册登记、经营行为、年度报告等方面进行监督和管理。当市场局发现公司存在违法行为时，有权依法进行查处，并责令其整改。
二、注册地与实际经营地的关系
- 注册地的重要性：公司的注册地是其法律上的住所，是公司登记机关进行登记和管理的重要依据。市场局通常依据公司的注册地来行使监管职权。
- 实际经营地的影响：虽然公司可能在实际经营地开展业务，但注册地仍然是其法律上的归属地。市场局在发现公司存在违法行为时，即使公司不在注册地实际经营，也有权依据其注册地信息进行查处。
三、市场局责令整改的情形
- 违法行为的存在：市场局在监管过程中，如果发现公司存在违法行为，如未按规定进行年度报告、虚假注册、超范围经营等，有权依法进行查处。
- 责令整改的合法性：在查处违法行为的过程中，市场局有权根据违法行为的性质和情节，责令公司进行整改。这包括要求公司停止违法行为、限期改正、缴纳罚款等。
- 整改的必要性：责令整改是市场局为了维护市场秩序、保护消费者权益而采取的一种行政措施。通过责令整改，可以促使公司纠正违法行为，恢复合法经营状态。
四、商户的应对策略
- 遵守法律法规：商户应严格遵守相关法律法规，确保在注册地和实际经营地都合法经营。
- 及时办理变更登记：如果商户的实际经营地发生变更，应及时向市场局办理变更登记手续，确保注册地与实际经营地一致。
- 积极配合市场局监管：在市场局进行监管和查处时，商户应积极配合，如实提供相关资料和信息，按照要求进行整改。
五、法律后果
如果商户不在注册地实际经营且存在违法行为，而市场局又依法对其进行了查处并责令整改，但商户未按照要求进行整改的，市场局有权进一步采取行政措施，如吊销营业执照、处以罚款等。这些法律后果将对商户的经营产生严重影响。
建议：商户应严格遵守相关法律法规，确保在注册地和实际经营地都合法经营。如果遇到相关法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。