结论前置：

1. 单位恶意克扣工资，即使过了两年，您仍有权通过法律途径维护自己的权益。
2. 但需注意，超过两年可能面临一些法律上的挑战，如证据收集、时效问题等。

详细分析：

一、法律权益

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。如果单位恶意克扣工资，这明显违反了法律规定，您有权要求单位补发工资，并可能要求支付相应的赔偿。

二、时效问题

虽然您提到问题已经过了两年，但劳动争议的时效问题并非绝对。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，这并不意味着超过一年就无法维权。在某些情况下，如您能证明存在不可抗力或其他正当理由导致未能及时申请仲裁，时效可能会被中断或延长。此外，如果单位持续克扣工资，您的权利持续被侵害，那么时效可能从最后一次克扣工资之日起计算。

三、证据收集

无论时效如何，证据都是维权的关键。您需要收集能够证明单位克扣工资的证据，如工资条、银行转账记录、与单位沟通的记录等。这些证据将有助于您在仲裁或诉讼中证明自己的主张。

四、维权途径

1. 协商：首先，您可以尝试与单位进行协商，要求补发工资并解决纠纷。
2. 调解：如果协商无果，您可以向当地的劳动争议调解组织申请调解。
3. 仲裁：如果调解不成，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
4. 诉讼：如果对仲裁结果不服，您还可以向人民法院提起诉讼。

五、可能面临的挑战

1. 证据收集难度：随着时间的推移，一些证据可能已经丢失或难以收集。
2. 时效问题：虽然存在时效中断或延长的可能性，但超过时效可能会增加维权的难度。
3. 单位抵赖：单位可能会否认克扣工资的事实，或者提出各种理由进行抵赖。

六、建议

1. 尽快行动：尽管已经过了两年，但您仍应尽快采取行动，以免错过可能的维权时机。
2. 咨询专业律师：在维权过程中，咨询专业律师的意见将非常有帮助。律师可以为您提供法律建议，帮助您收集证据，并代表您进行仲裁或诉讼。
3. 保持冷静和理性：在维权过程中，保持冷静和理性非常重要。避免与单位发生不必要的冲突，以免影响维权的进程和结果。

最后，如果您在劳动工伤（工资福利）方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议。