若单位发现职工存在贪污、挪用资金行为，单位应立即采取以下措施，以最大限度维护自身权益并降低法律风险：

1. 固定证据，确保事实清晰
   单位需第一时间收集并保存与贪污、挪用资金相关的所有证据，包括但不限于财务账目、银行流水、合同文件、审批记录、电子数据（如邮件、聊天记录）等。证据需完整、真实，能够形成完整的证据链，以证明职工的违法行为及资金流向。若证据不足或存在瑕疵，可能导致后续法律程序受阻。

2. 内部处理与纪律处分
   根据单位内部规章制度（如员工手册、财务管理制度等），对涉事职工进行停职调查，防止其继续实施违法行为或销毁证据。若调查确认职工存在违规行为，可依据制度给予警告、记过、降职、解雇等纪律处分。需注意，内部处理需符合《劳动合同法》等法律规定，避免因程序违法引发劳动争议。

3. 刑事报案与司法介入
   若贪污、挪用资金数额较大（通常达到当地刑事立案标准，如挪用资金罪立案标准为6万元以上），单位应立即向公安机关经济犯罪侦查部门报案，提交证据材料，推动刑事立案。刑事程序启动后，公安机关将依法侦查，追究涉事职工的刑事责任。单位需配合司法机关调查，提供必要协助。

4. 民事追偿与损失挽回
   无论是否启动刑事程序，单位均可通过民事诉讼要求涉事职工返还被贪污、挪用的资金及利息。若资金已被转移或挥霍，可同时起诉相关第三方（如协助转移资金的主体），要求其承担连带赔偿责任。民事诉讼需注意诉讼时效（通常为3年），避免因超期丧失胜诉权。

5. 完善内控，防范风险
   事件处理完毕后，单位应全面审查财务管理制度，查找漏洞，完善审批流程、资金监管、内部审计等机制。例如，实行岗位分离制度（如出纳与会计分设）、定期轮岗、引入第三方审计等，从制度层面预防类似事件再次发生。

需特别注意的法律风险：

• 单位在处理过程中需避免侵犯职工合法权益（如非法搜查、扣押财物、泄露隐私等），否则可能承担民事赔偿或行政处罚责任。
  
• 若单位未及时报案或处理，可能被认定为对违法行为放任，甚至承担连带责任（如资金被用于单位业务，单位可能被认定为受益方）。
  

建议：单位可委托律师全程参与处理，确保程序合法、证据充分，并制定风险防范方案。若您有具体案件细节或需要进一步指导，可直接向我咨询。