对医疗机构有限公司某某诊所的处罚，通常是处罚公司，即该医疗机构有限公司。具体分析如下：

一. 处罚对象的确定

1. 公司作为法人承担责任：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，公司是具有法人资格的组织，能够独立承担民事责任。因此，在医疗机构有限公司某某诊所发生违法违规行为时，通常是由公司作为法人来承担相应的法律责任。

2. 诊所作为公司的一部分：某某诊所作为医疗机构有限公司的一个分支机构或组成部分，其运营行为代表的是公司的行为。因此，对诊所的处罚实质上是对公司行为的处罚。

• 例如，若某医疗机构有限公司下的某某诊所因违规操作被查处，那么处罚通知会发给该医疗机构有限公司，并要求其整改或支付罚款，而不是直接针对诊所本身。

二. 处罚的具体实施

1. 处罚通知的发送：处罚通知通常会发送给医疗机构有限公司，明确指出其下属的某某诊所存在的违法违规行为，并要求公司采取相应的整改措施或支付罚款。

2. 公司内部的责任追究：公司在收到处罚通知后，可能会根据内部管理制度对诊所的负责人或相关责任人进行进一步的责任追究。

综上所述，对医疗机构有限公司某某诊所的处罚，实际上是处罚公司，即该医疗机构有限公司。因为公司是法人，能够独立承担民事责任，而诊所作为公司的一部分，其行为代表的是公司的行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。