二类耕地被填土覆盖是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法性判断的基本原则
根据《土地管理法》及相关规定，土地的使用需遵循其规划用途，不得擅自改变土地用途。二类耕地，作为农业用地的一种，其使用应严格遵循农业用途，如种植农作物等。若未经合法程序，擅自改变其用途，如填土覆盖用于非农业建设，则可能构成违法。
二、合法填土覆盖的情形
经过审批的农业设施建设：
- 若因农业设施建设需要，如建设温室大棚、农业仓储设施等，且已依法办理相关审批手续，包括土地用途变更审批、建设规划许可等，那么在此类设施建设过程中进行的填土覆盖行为，是合法的。
土地复垦与整理：
- 在土地复垦或整理过程中，为了改善土地条件，提高土地利用率，可能需要进行填土等工程措施。但此类行为也需依法进行，包括编制复垦或整理方案、报经相关部门批准等。
三、非法填土覆盖的情形及后果
未经审批擅自填土：
- 若未经任何审批，擅自对二类耕地进行填土覆盖，用于非农业建设或其他非农业用途，则构成违法。此类行为可能面临责令停止违法行为、限期改正、罚款等行政处罚。若情节严重，还可能构成非法占用农用地罪，承担刑事责任。
违反规划用途填土：
- 即使经过了一定审批，但若填土覆盖行为违反了土地规划用途，如将耕地变为建设用地而未依法办理土地用途变更手续，同样构成违法。此类行为也将面临相应的法律责任。
四、建议与措施
了解土地规划用途：
- 在进行任何土地使用行为前，应首先了解该土地的规划用途，确保使用行为符合规划要求。
依法办理审批手续：
- 若需改变土地用途或进行土地建设，应依法办理相关审批手续，确保行为合法合规。
咨询专业律师：
- 在涉及土地法律问题时，建议咨询专业律师，以获取更准确、更全面的法律意见和帮助。
若您有关于二类耕地被填土覆盖的具体疑问或面临相关法律问题，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律解答和建议。