医疗机构违规收费的处罚主要由价格主管部门或卫生行政部门负责，具体处罚措施根据违规情节的轻重有所不同。以下是对此问题的详细解答：
一、一般违规收费的处罚
责令改正与清退费用：
- 当医疗机构存在违规收费行为时，价格主管部门或卫生行政部门会首先要求其立即停止违规行为，并对多收的费用进行清退处理，确保违规收取的费用能够退还给患者。
没收违法所得：
- 医疗机构通过违规收费所获得的全部违法收入，都将被相关部门依法没收，上缴国库。这一措施旨在剥夺医疗机构的非法利益，维护医疗市场的公平竞争。
罚款：
- 根据违规情节的轻重，医疗机构可能面临不同额度的罚款。若医疗机构有违法所得，可处违法所得一定倍数的罚款（如5倍以下）；若医疗机构没有违法所得，也可根据情节处以一定金额的罚款（如5万元以上50万元以下，情节较重的处50万元以上200万元以下）。
二、情节严重违规收费的处罚
责令停业整顿：
- 对于违规收费情节特别严重、影响恶劣的医疗机构，价格主管部门或卫生行政部门有权责令其停业整顿。期间，医疗机构必须停止相关诊疗服务活动，进行全面整改。待整改符合要求并经相关部门验收合格后，方可恢复营业。
吊销执业许可：
- 对于情节特别严重的医疗机构，卫生健康行政部门可能吊销其《医疗机构执业许可证》，使其无法继续开展医疗服务活动。对于非公立医疗机构，还可能面临吊销营业执照的处罚。
三、对直接负责人员的处罚
除了对医疗机构本身进行处罚外，相关部门还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行处罚。这可能包括罚款（如5万元以下）、行政处分、纪律处分等。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
四、患者权益保护与投诉途径
- 保留证据：患者遇到医疗机构违规收费情况时，应保留好相关票据、病历、费用清单等证据。
- 投诉举报：患者可以及时向当地的卫生健康委员会、市场监督管理局等部门进行投诉举报。相关部门将依法进行调查处理，维护患者的合法权益。
总结与建议：
医疗机构违规收费是一种违法行为，不仅损害了患者的合法权益，也破坏了医疗市场的秩序。相关部门将依据法律法规对其进行严厉处罚。无论是公立还是非公立医疗机构，都应严格遵守价格法规，确保收费行为的合法性和合理性。同时，患者也应积极维护自身权益，遇到违规收费情况时及时投诉举报。若您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。