非法组织代孕窝点被查，相关责任人可能会面临刑事处罚、行政处罚，同时还会承担民事赔偿责任。以下是对这些后果的详细分析：
刑事处罚
组织出卖人体器官罪：
- 如果代孕过程中涉及非法买卖卵子、精子或胚胎等人体组织，可能构成组织出卖人体器官罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，组织他人出卖人体器官的，处五年以下有期徒刑，并处罚金；情节严重的，处五年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。
非法经营罪：
- 非法组织代孕行为往往涉及未经许可的经营活动，如非法医疗行为、非法中介服务等，可能构成非法经营罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条，违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；（三）未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；（四）从事其他非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。非法代孕行为若被认定为非法经营，相关责任人可能面临上述处罚。
其他相关罪名：
- 根据代孕行为的具体情节，还可能涉及其他罪名，如诈骗罪（如果代孕机构以虚假信息骗取客户钱财）、故意伤害罪（如果代孕过程中造成人身伤害）等。
行政处罚
卫生行政部门处罚：
- 非法代孕行为往往违反了卫生行政部门的规章制度，如《人类辅助生殖技术管理办法》等。卫生行政部门有权对非法代孕机构进行查处，包括责令停止违法行为、没收违法所得、罚款等行政处罚。
工商行政管理部门处罚：
- 如果代孕机构以公司形式存在，且未经工商行政管理部门注册登记或超出经营范围经营，工商行政管理部门也有权对其进行查处，包括责令改正、罚款、吊销营业执照等。
民事赔偿责任
合同无效与赔偿：
- 非法代孕合同因违反法律、行政法规的强制性规定而无效。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。因此，代孕机构可能因合同无效而承担民事赔偿责任。
人身损害赔偿：
- 如果代孕过程中造成代孕母亲或新生儿的人身损害，相关责任人还可能面临人身损害赔偿的责任。根据《中华人民共和国民法典》中关于人身损害赔偿的规定，赔偿范围包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入等。
建议：非法组织代孕行为严重违反了法律法规和伦理道德，不仅会对相关责任人造成严重的法律后果，还会对代孕母亲和新生儿的身心健康造成极大的伤害。因此，我强烈建议不要参与任何形式的非法代孕活动。如果您或您身边的人遇到了非法代孕的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。