核心前提：残疾人驾驶农用车是否会被处罚，需结合其是否具备合法驾驶资格、车辆是否合规以及驾驶行为是否违反交通法规等因素综合判断。

结论前置：

1. 若残疾人持有合法驾驶证且车辆合规，正常驾驶不处罚；
   
2. 若未取得驾驶证、驾驶无牌车辆或存在违法行为（如超速、酒驾等），将依法处罚。
   

具体分析：

1. 合法驾驶情形

根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，残疾人若符合身体条件（如肢体残疾但双手健全、下肢功能正常等），可申请C5驾驶证（准驾残疾人专用小型自动挡载客汽车）。但农用车通常属于低速载货汽车或三轮汽车，需C3/C4驾驶证。

• 若残疾人已取得对应驾驶证（如C3/C4）且车辆合法登记，其驾驶行为与健全人无异，不因残疾身份被额外处罚。
  
• 若驾驶的农用车属于合法改装（如加装辅助装置）且通过车管所备案，亦属合法。
  

2. 违法驾驶情形

若存在以下情况，将依法处罚，处罚标准与健全人一致，不因残疾身份减轻或加重：

• 无证驾驶：未取得驾驶证驾驶农用车，处200-2000元罚款，可并处15日以下拘留；
  
• 驾驶无牌车辆：未悬挂号牌或未取得行驶证，处200元罚款，扣留车辆；
  
• 违法行为：如超速、酒驾、闯红灯等，按《道路交通安全法》处罚（如酒驾暂扣6个月驾驶证，罚款1000-2000元）；
  
• 驾驶与准驾车型不符车辆：如持C5驾驶证驾驶农用车，属“无证驾驶”范畴，按上述标准处罚。
  

3. 特殊情形说明

• 残疾辅助装置合规性：若残疾人驾驶的农用车加装了辅助装置（如方向把手、油门刹车改装），需确保符合《机动车运行安全技术条件》，否则可能因“擅自改变机动车结构”被处罚；
  
• 地方性规定：部分地区可能对残疾人驾驶农用车有额外要求（如需备案），需提前咨询当地交管部门。
  

建议：残疾人驾驶农用车前，务必确认自身驾驶证类型与车辆类型匹配，车辆已合法登记且无改装违规，避免因程序问题承担法律责任。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。