“无犯罪证明中自然人已存在”这句话，通常意味着在开具无犯罪记录证明的过程中，系统或相关部门已经识别并确认了该自然人的身份信息，且该自然人在系统中已有记录。以下是对这一表述的详细解释：

一、自然人身份信息的确认

1. 身份识别：在开具无犯罪记录证明时，相关部门（如公安机关）会首先核实申请人的身份信息，包括姓名、身份证号码等，以确保申请人的真实性和唯一性。
2. 系统记录：一旦身份信息得到确认，系统就会记录该自然人的相关信息，包括其是否曾有过犯罪记录等。

二、“自然人已存在”的含义

1. 系统内有记录：当说“自然人已存在”时，通常指的是该自然人的身份信息已经在相关系统中有了记录，这可能是因为他之前已经申请过无犯罪记录证明，或者因为其他原因（如户籍登记、身份证办理等）其信息已经被系统收录。
2. 非负面含义：这一表述并不直接涉及该自然人是否有犯罪记录，而只是确认其身份信息在系统中存在。因此，它本身并不带有正面或负面的评价。

三、可能的情况与建议

1. 正常情况：如果申请人之前没有申请过无犯罪记录证明，但系统显示“自然人已存在”，这可能是因为其身份信息已经被其他途径（如户籍登记）收录。这种情况下，申请人可以正常申请无犯罪记录证明。
2. 信息重复或错误：如果申请人发现系统中的信息与其实际情况不符（如姓名、身份证号码错误），或者存在重复记录，应及时向相关部门反映并申请更正。这可以避免在后续申请无犯罪记录证明时出现不必要的麻烦。
3. 法律后果：需要强调的是，“自然人已存在”这一表述本身并不涉及任何法律后果。它只是确认了申请人的身份信息在系统中存在，而是否开具无犯罪记录证明以及证明的内容，则取决于申请人是否有犯罪记录以及相关法律法规的规定。

四、申请无犯罪记录证明的注意事项

1. 准备材料：在申请无犯罪记录证明时，申请人需要准备有效的身份证明文件（如身份证、户口本等）。
2. 填写申请表：按照相关部门的要求填写申请表，确保信息的准确性和完整性。
3. 等待审核：提交申请后，需要等待相关部门的审核。审核过程中，相关部门可能会核实申请人的身份信息以及是否有犯罪记录等。
4. 领取证明：如果审核通过，申请人可以领取无犯罪记录证明。

如有任何关于无犯罪记录证明或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。