在合同中约定万分之五的违约金，这通常意味着违约金的计算是按照合同金额的每日万分之五来进行的。下面我将详细解释如何计算这种违约金，并给出一些法律上的注意事项。
一、违约金的计算方式
确定计算基础：
- 违约金的计算基础是合同中约定的金额，这可以是合同的总金额，或者是合同中某一部分、某一阶段的金额。具体以合同中的明确约定为准。
明确计算比例：
- 万分之五，即0.05%，是违约金计算的比例。例如，如果合同金额为100万元，那么每日的违约金就是100万元乘以0.05%，即500元。
计算周期与天数：
- 违约金的计算周期根据合同约定来确定，可以是按日、按月、按年，或者是一次性计算。如果合同没有明确约定，那么需要根据实际情况和法律规定来确定。
- 违约天数是从违约行为发生的那一天开始计算，直到违约行为结束或者计算违约金的截止日期为止。
具体计算方法：
- 违约金数额 = 合同标的额 × 0.05%（万分之五换算为小数）× 违约天数。
- 例如，合同标的额为100万元，违约10天，那么违约金数额就是100万元 × 0.05% × 10 = 5000元。
二、违约金的法律调整
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。但是，如果违约金过高或过低，当事人都有权请求法院或仲裁机构予以适当调整。
- 如果违约金过分高于造成的损失，法院或仲裁机构会根据当事人的请求适当减少。
- 如果违约金低于造成的损失，法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。
三、实际应用中的注意事项
- 在实际应用中，除了按照上述方法计算违约金外，还需要注意合同中的其他相关条款，如违约金的支付时间、支付方式等。
- 如果合同中对违约金只做了原则性的规定，没有具体约定违约金的比例或数额，并且有关法律也没有明确规定违约金比例或金额的，那么可以参照民法典中关于承担违约金责任的一般原则来执行。
- 在签订合同时，双方应明确约定违约金的计算方式和标准，并确保其合法性和合理性，以避免未来因违约金问题产生纠纷。
综上所述，合同中约定万分之五的违约金是一种常见的违约金计算方式。在实际应用中，需要根据具体情况进行计算，并遵循相关法律规定进行调整。在签订合同时，双方应谨慎约定违约金的计算方式和标准，以确保合同的合法性和有效性。